Dimulainya kerusuhan, 19 Januari 1999

Konflik ini dimulai pada 14 Januari 1999 di Dobo, Kepulauan Aru yang menewaskan 12 orang. Namun, Konflik utama baru mulai pada 19 Januari 1999 saat Idulfitri.

Tercatat secara luas bahwa konfrontasi awal yang memicu konflik tersebut terjadi antara seorang sopir minibus Bugis dan sekelompok pemuda Kristen. Tapi ada banyak versi kejadian. Versi pertama menceritakan seorang sopir Kristen asal Ambon bernama Jacob Leuhery (atau dikenal sebagai Yopy) sebagai korban pelecehan oleh dua orang Muslim Bugis, Usman dan Salim. Versi kedua, menggambarkan pihak Bugis sebagai korban intimidasi oleh Yopy. ^[12][9]

Versi pertama menyebutkan bahwa sekitar pukul 14.30 pada tanggal 19 Januari, Yopy—seorang Kristen asal Desa Aboru di dekat Batu Merah—baru saja memulai kerjanya sebagai sopir minibus di Terminal Batu Merah. Dua pemuda menghampirinya, dan salah satu dari mereka meminta Rp500. Yopy menolak memberikan uang. Ia kemudian melanjutkan perjalanan ke Terminal Mardika. Setelah sekitar setengah jam, ia kembali ke Batu Merah tanpa mendapat penumpang. Kedua pemuda itu masih berada di sana; salah satu dari mereka kembali menghampirinya dan memalaknya. Yopy menjawab bahwa ia tidak memiliki uang karena belum mendapatkan penumpang. Ia meminta para pemuda itu untuk berhenti memalaknya. Salah satu pemuda mengeluarkan badik dan menempelkan ujungnya ke leher Yopy, namun Yopy berhasil mendorongnya menggunakan pintu minibus dan kabur ke Mardika dengan harapan kedua pemuda itu telah pergi. Namun, saat ia kembali—masih tanpa penumpang—kedua pemuda itu ternyata masih ada di sana. Salim merogoh sakunya untuk mengeluarkan badiknya. Yopy berlari pulang ke rumahnya di dekat terminal, mengambil senjatanya sendiri, lalu berlari kembali mengejar mereka hingga ke pasar Desa Batu Merah. Mereka berhasil meloloskan diri, dan Yopy akhirnya pulang ke rumah. Salim kemudian ditangkap di Bone pada tanggal 3 Februari dan dibawa kembali ke Ambon untuk dimintai keterangan beberapa hari kemudian. Yopy juga ditangkap dan ditahan pada 15 Febuari atas tuduhan melakukan penyerangan terhadap orang Bugis.^[12]

Versi kedua menyatakan bahwa Yopy adalah sopir sebuah mobil van milik seorang warga Bugis dari Batu Merah. Kernetnya juga seorang Muslim yang berasal dari Batu Merah Bawah. Yopy telah menggunakan van tersebut untuk usaha rental pribadi, dan si kernet, atas nama sang pemilik, menagih uang bagian pemilik kepada Yopy. Yopy menolak dan mengancamnya. Beberapa penumpang beragama Kristen kemudian turut membantu Yopy mengeroyok kernet itu, yang lalu berlari ke Batu Merah Bawah untuk mencari bantuan dari teman-temannya. Kedua kelompok tersebut pun terlibat bentrokan sebelum akhirnya memicu pecahnya kerusuhan.^[12]

Mau bagaimanapun penyebabnya, suatu sumber mengatakan kalau kurang dari 15 menit setelah Yopy tiba di rumahnya, ia melihat ratusan pemuda Muslim dari Batu Merah datang untuk menyerang warga Batu Merah Dalam—desa tempat rumah Yopy—yang sebagian besar beragama Kristen. Lempar-lemparan batu terlihat sekitar pukul 3.30 sore. Awalnya warga sekitar tidak terlalu mengkhawatirkannya karena memang situasi semacam ini sudah sering terjadi. Namun yang tidak mereka sadari, para penyerang tidak hanya datang sekali, tetapi jam 4 sore mereka datang lagi dan melancarkan serangan kedua, kali ini dengan jumlah milisi yang jauh lebih besar: antara 600 hingga 700 orang, menurut laporan sebuah gereja. Mereka mendapat rumor kalau ada yang membakar masjid di Batu Merah, padahal masjid itu tidak terkena apa-apa. Mereka membakar banyak rumah. Setelah itu, mereka kembali menyerang untuk ketiga kalinya sebelum berangkat ke Mardika.^[12]

Akhirnya bentrok besar terjadi di Plaza Mardika, sekitar pukul 20.00. menewaskan 43 sampai 65 orang, melumpuhkan Kota Ambon dan membuat ~20.000 orang mengungsi.^[9][12]

Kelompok-kelompok mulai terorganisasi dan menggunakan simbol ikat kepala merah untuk Kristen dan kain putih untuk Islam. Kerusuhan menyebar dengan sangat cepat.^[9]

Silale, Waihaong, dan Kudamati, 19 Januari

Kekerasan menyebar dengan cepat ke wilayah Silale—sebuah kampung yang mayoritas penduduknya Muslim dengan kurang lebih 40 orang Kristen—bermula antara pukul 17.00 hingga 17.45. Rumah keluarga Kristen bernama Nikijuluw dibakar lebih dulu, disusul kemudian oleh rumah pastori Gereja Sumber Kasih. Massa Muslim kemudian membakar dan menjarah dua belas rumah milik warga Kristen di Silale, Waihaong, dan sekitar Jalan Baru. Mereka juga melempari Gereja Bethlehem dengan batu. Para pelaku kerusuhan bukanlah warga asli Silale, karena hubungan antara kedua komunitas selama ini terjalin dengan baik. Bahkan, beberapa warga Muslim setempat sempat memberikan kerudung kepada perempuan-perempuan Kristen untuk dikenakan jika mereka membutuhkan perlindungan. Namun, segelintir orang dari luar wilayah tersebut mulai mengumandangkan takbir. Awalnya, warga Muslim setempat hanya datang untuk melihat-lihat, tetapi para provokator berhasil memancing emosi mereka melalui seruan takbir tersebut hingga mereka mulai mengambil senjata.^[12]

Sekitar pukul 20.00, sekelompok massa Muslim yang terdiri dari sekitar tiga puluh orang mencoba menyerang Gereja Silo, namun mereka berhasil ditahan oleh massa Kristen yang menjaganya. Kemudian, umat Kristen berkumpul di Gereja GPM di Jalan Anthony Rebok sekitar pukul 22.00 dan membakar beberapa kios di tepi jalan sebelum menyasar becak-becak yang sebagian besar dimiliki oleh warga suku Buton dan Bugis. Warga Muslim yang tinggal di sekitar Masjid Al-Fatah kemudian bergabung dengan kelompok Muslim yang sudah berada di jalanan. Kelompok Kristen dan Muslim pun saling berhadapan di sekitar Jalan A.M. Sangaji, salah satu jalan utama di Ambon. Milisi Muslim (Kelompok Putih) mengenakan kain putih dan milisi Kristen (Kelompok Merah) menggunakan kain merah.^[12]

Massa Kristen berkumpul di Kudamati untuk membalas serangan Mardika, tapi terhalang karena bentrok dengan massa Muslim di Waringin. ^[12]

Kampung Paradeys, 19-20 Januari

Serangan pihak Kristen terhadap Kampung Paradeys, bermula sekitar pukul 23.00. Mereka datang dalam regu-regu yang masing-masing terdiri dari sekitar dua puluh orang. Mereka mengklaim bahwa gereja mereka, Gereja Bethlehem, telah dibakar, padahal hal itu tidak benar. Mereka kemudian berusaha merusak rumah-rumah menggunakan pipa besi dan batu, serta menghancurkan segala sesuatu yang ada. Sekitar lima belas menit kemudian, serangan kedua dilancarkan. Gelombang serangan ketiga datang sekitar pukul 23.30. Mereka melempari batu namun tidak masuk ke dalam rumah warga. Mereka sempat mundur tetapi kembali sekitar pukul 01.30 dini hari. Para militan radikal itu membawa pipa-pipa besar, pisau, dan parang. Suara pukulan pada tiang listrik menjadi bahasa isyarat para penyerbu: tiga kali pukulan berarti "Berkumpullah", sedangkan pukulan bertubi-tubi dengan cepat menyampaikan pesan yang berbeda—hanya Tuhan yang tahu. Jelas sekali ada seorang pemimpin yang memberikan isyarat-isyarat tersebut.^[12]

Di Batu Gantung, 19-20 Januari

Sekitar pukul 15.30 di Batu Gantung, seorang warga berlari pulang ke rumahnya dan mengatakan ada keributan di terminal; orang-orang berlarian karena ada mengejar mereka. Satu jam kemudian, seorang warga lain melaporkan bahwa milisi Kristen dari Kudamati sedang bergabung dengan milisi Kristen dari Mardika. Sekitar pukul 5 sore, saksi mata melihat sebuah truk dengan sekitar lima puluh pemuda Kristen di dalamnya berhenti di Batu Gantung, semuanya membawa pisau panjang. Setelah itu Batu Gantung diserang dari segala penjuru, tetapi penduduknya tetap bertahan sampai aparat kepolisian datang tanpa ada korban jiwa. Aparat menyuruh semua orang untuk kembali ke rumah masing-masing dan menjamin keamanan mereka.^[12]

Warga Batu Gantung pun kembali ke rumah, namun tak lama kemudian, serangan kedua terjadi. Aparat —yang berjumlah sekitar 25 orang—berhasil menghalau serangan itu. Akan tetapi, sebagian besar aparat meninggalkan lokasi antara pukul 22.00 hingga 23.00. Para milisi radikal itu datang lagi sekitar pukul 02.00 dini hari, dengan ratusan orang yang bersenjatakan pisau, kayu, dan batu kembali mendatangi Batu Gantung. Kali ini, hanya ada seorang polisi disana, dan dua polisi lain tiba saat serangan telah berlangsung lebih dari satu jam; salah satu dari mereka sempat melepaskan tembakan peringatan ke udara. Seorang warga Batu Gantung berlari menghampiri polisi tersebut dan berteriak, "Mengapa kalian membiarkan mereka menyerang padahal kalian sudah menyuruh kami untuk bubar?" Polisi hanya memintanya untuk tenang. Dalam serangan ini, dua warga terkena lemparan batu dan sebuah truk dibakar. ^[12]

Sekitar pukul 04.00 pagi, warga melihat dua kios milik warga Bugis dibakar. Aparat, termasuk kepala polisi Latuhalat, menyaksikan kejadian ini namun tidak melakukan apa pun untuk menghentikannya. Juga diketahui ada sekelompok milisi Kristen bergerak dari kantor sekretariat Gerakan Mahasiswa Kristen Indonesia menuju Gereja Rehoboth, tempat para milisi Kristen berkumpul. Pada pukul 10.00 pagi tanggal 20 Januari, kelompok Kristen kembali melakukan serangan, kali ini menggunakan anak panah berapi dan bom molotov. Warga Muslim memohon bantuan kepada polisi yang berjaga di depan Jalan Dr. Sitanala, namun polisi menyatakan bahwa mereka hanya ditugaskan di lokasi tersebut dan tidak dapat pergi. Dari arah utara, para milisi mencoba membakar banyak rumah; pada beberapa rumah berhasil dipadamkan. Api dengan cepat merambat ke wilayah Batu Gantung lainnya dan menghanguskan sekitar 120 rumah. Mobil pemadam kebakaran baru tiba pada pukul 18.00, saat api sudah hampir padam.^[12]

Sekitar 240 keluarga mengungsi ke kampung-kampung Muslim terdekat, termasuk Talake Atas, Taman Hiburan Rakyat di Waihaong, dan barak polisi di Perigi Lima. Tidak ada korban jiwa, namun empat orang terluka dalam serangan tersebut, dengan satu orang di antaranya mengalami luka serius. Beberapa serangan terjadi di Batu Gantung hingga 22 September. Banyak coretan grafiti bertuliskan "Yesus Menang" dan "Israel" di dinding rumah-rumah yang ditinggalkan. ^[12]

Kerusuhan meluas ke daerah Hitu, Wakal, dan Mamalang dengan sasaran orang-orang Kristen dimana para penyerang menghancurkan gereja.^[9]

20-24 Januari

20 Januari 1999 dimulai dengan bentrok di Lapangan Merdeka jam 3 subuh. Paginya, milisi Kristen membakar area perbelanjaan Pelita, pasar Gambus, Pasar Mardika, Pasar Buah Mardika, dan pasar makanan Cakar Bongkar, hampir semuanya habis terbakar. Sebuah pemukiman Buton juga ikut terbakar. Sekolah dasar dan taman kanak-kanak Muslim al-Hilal juga dibakar, dan terjadi pembakaran selektif terhadap properti milik Muslim di sepanjang jalan utama Ambon. Pemukiman Gunung Nona juga diserbu. Perlu diketahui kalau banyak kematian pada Kerusuhan Ambon I terjadi pada hari ini.^[9][12]

Serangan lainnya pada 20 Januari

Hila juga diserang hari itu, tetapi penduduk desa mendapat bantuan dari orang-orang Muslim Kaitetu. Lebih dari 60 rumah hancur, 1 orang tewas dan 8 lain hilang. Gereja Imanuel di Hila, gereja lama dari tahun 1780 di pun dihancurkan. ^[9][13][14]

Haruku

Di Pulau Haruku, kerusuhan dimulai tanggal 13 Februari, ketika seorang Kristen dari Kariu, membakar sebuah rumah tepat di perbatasan Kariu dengan desa Muslim Pelauw dengan tujuan membuat kerusuhan. Penduduk Aboru dan Kariu menuduh penduduk Muslim Pelauw sebagai pelakunya. Sekitar pukul 5:00 pagi keesokan harinya, rumah lainnya dibakar. Baik Kariu maupun Pelauw tegang. Di Pelauw, orang-orang bersiap untuk jihad.^[12]

Tiba-tiba Kariu dikepung oleh militan dari Pelauw, Ori, Kailolo, dan Kulor & Tulehu dari Saparua.^[12]

Ketika kedua pihak saling bunuh, aparat melepaskan tembakan ke arah milisi Pelauw. Milisi Kristen menembak pihak Muslim, dan kemudian milisi Muslim membakar Kariu. Lima belas milisi Muslim tewas akibat luka tembak.Selain itu, di Kariu empat orang lansia meninggal saat melarikan diri. Orang-orang dari Hulaliu mencoba membantu Kariu, tetapi mereka bentrok dengan tentara di dekat Ori membunuh antara 12 sampai 15 pemuda. Sore 16 Februari, semua penduduk Kariu telah mengungsi ke hutan atau ke desa Aboru. Mereka meninggalkan gereja mereka, yang dibakar habis walau dijaga tentara, dan yang tersisa hanyalah menara dengan bendera putih berkibar di atasnya.^[12]

Anehnya, seminggu sebelum serangan Kariu, telah diadakan pertemuan di Pelauw, dan kaum pria mulai mencukur kepala mereka seolah-olah sebagai persiapan perang. Selain itu, pos militer antara Pelau dan Kariu dibongkar sebelum serangan dan dipindahkan ke tempat baru antara Ori dan Hulaliu. Jadi ketika Muslim Saparua datang, tidak ada yang menghalangi mereka.^[12]

Setelah kerusuhan di Pulau Haruku, aparat mulai suka menembak (Dengan amunisi asli), dan akibatnya jumlah korban tewas meningkat tajam dan memperkuat ketidakpercayaan publik pada negara.^[12][9]

Pada 13 Maret, Paus Yohanes Paulus II mengecam konflik ini sebagai yang "menjungkirbalikkan harmoni tradisional untuk hidup berdampingan antara umat Kristen dan Muslim"^[15]

Kepulauan Kei, Maret-April

Pada Maret-April 1999, konflik menyebar ke Kepulauan Kei, dimulai dari pertengkaran bernuansa agama. membuat sekitar 200 orang mati di daerah Tual dan Kei Besar. Karena tentara di Kei sangat sedikit, sekitar 1000 tentara dikirim dari Ambon untuk mengamankan situasi. Puluhan ribu warga telah mengungsi.^[9][16] Dari tanggal 30 Maret hingga 3 Mei 1999, sejumlah besar desa Muslim dan dua desa Kristen dihancurkan di Kepulauan Kei (di pantai barat Kei Kecil). ^[11]

Kerusuhan Juli dan Agustus dari Poka

Warga setempat di Ambon, telah menyatakan kekhawatiran bahwa sebagian pasukan keamanan ditarik selama jeda kekerasan selama dua bulan. Banyak warga setempat masih takut akan serangan balasan dari orang-orang di kedua belah pihak.^[18]

Dari Januari hingga 23 Juli 1999, desa Poka berhasil lolos dari kerusuhan. Kepala Desa (Raja) mengatur pertemuan rutin antara Muslim dan Kristen untuk membahas kebutuhan dan kekhawatiran bersama. Peronda malam gabungan Muslim-Kristen berjumlah 10 orang berpatroli setiap malam, sepanjang malam, untuk mencegah eskalasi dari perselisihan kecil. Ada kerukunan antara Kristen dan Muslim di Poka dan keyakinan bahwa mereka dapat menahan kekerasan yang tidak dapat dihindari oleh banyak desa lain.^[11]

Pada pukul 8 malam tanggal 23 Juli 1999, perkelahian terjadi antara pemuda Kristen dan Muslim, beberapa di antaranya tampak mabuk. Lalu, banyak yang terlibat. Dalam waktu 5-7 menit setelah perkelahian dimulai, aparat tiba. Mereka berpura-pura mencoba menghentikan perkelahian dengan menembakkan banyak peluru ke udara. Hal ini menyebabkan kepanikan. Semua orang Kristen melarikan diri ke gereja. Menurut mereka, militer malah memperburuk keadaan, dalam situasi di mana tidak akan sulit bagi sekelompok tentara untuk menghentikan sekelompok pemuda mabuk dari perkelahian tanpa menembakkan peluru tajam. Seorang warga Jakarta-Ambon mempereparah situasi dengan menjadi provokator dan perakit bom. Seorang pendeta setempat menangkapnya. Pendeta itu membawanya ke kantor polisi. Dalam 2-3 hari, polisi membebaskan dia. Seminggu kemudian, seorang jemaat pendeta tersebut kembali menangkapnya. Jemaat ingin membunuhnya. Pendeta melarang hal itu, dan membawanya ke polisi lain. Sekali lagi, ia segera dibebaskan. Kerusuhan dimulai, Banyak bangunan di Poka dibakar, dan kerusuhan itu mulai menyebar kembali ke kota Ambon.^[11].

Perusuh membakar mall terbesar di Ambon, dan bisnis Tionghoa mulai ditarget^[11][18]. Insiden Galala pun terjadi, di mana aparat memasuki sebuah gereja di Galala dan membunuh 24 orang pengungsi^[19].