Wihaji mengenyam pendidikan di SD Negeri Ngrombo 2 Plupuh Sragen, MTs Negeri Plupuh Sragen, dan MA Negeri 1 Surakarta (1991–1994). Ia meraih gelar Sarjana Agama S-1 Pendidikan Agama Islam dari Fakultas Tarbiyah Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN, kini UIN) Salatiga, Magister Pendidikan S-2 Pendidikan Kependudukan dan Lingkungan Hidup dari Universitas Negeri Jakarta (2001–2008), dan Doktor
Manajemen Lingkungan Hidup dari UNJ (2010–2019).[3][4][5][6]
