Era perang kemerdekaan (1945–1949)
Pada tanggal 5 Oktober 1945 pemerintah Republik Indonesia membentuk tentara kebangsaan yang bernama Tentara Keamanan Rakyat (TKR). Kemudian pada tanggal 6 Oktober 1945, Presiden Soekarno mengangkat Soeprijadi sebagai Pemimpin Tertinggi TKR. Akan tetapi karena Suprijadi tidak pernah muncul dan tidak pernah dilantik sebagai Pemimpin Tertinggi TKR, maka pada tanggal 12 November 1945 diadakan Konferensi TKR untuk memilih penggantinya.
Pada konferensi itu akhirnya terpilih Kolonel Soedirman menjadi Panglima Besar TKR. Kemudian Presiden Soekarno melantik Kolonel Soedirman menjadi Panglima Besar TKR pada tanggal 18 November 1945 dengan pangkat Jenderal.[6] Tanggal 8 Januari 1946, nama Tentara Keamanan Rakyat diganti namanya menjadi Tentara Keselamatan Rakyat.
Pada tanggal 26 Januari 1946, pemerintah Indonesia mengeluarkan maklumat yang isinya mengenai pergantian nama Tentara Keselamatan Rakyat menjadi Tentara Republik Indonesia (TRI). Pada tanggal 25 Mei 1946, Panglima Besar Jenderal Soedirman dilantik oleh Presiden Soekarno sebagai Pimpinan Markas Besar Umum dan Kementerian Pertahanan, Tentara Republik Indonesia.
Pada tanggal 3 Juni 1947, Presiden Soekarno meresmikan berdirinya Tentara Nasional Indonesia (TNI) yang merupakan penggabungan antara TRI dan laskar-laskar perjuangan rakyat di seluruh Indonesia. Presiden lalu menetapkan pucuk pimpinan TNI yang bersifat kolektif yang anggotanya adalah para pimpinan TRI dan pimpinan laskar-laskar perjuangan rakyat, dengan ketuanya adalah Soedirman.
Penataan organisasi
Pada tahun 1948 Pemerintah Indonesia menata ulang organisasi Tentara Nasional Indonesia. Program penataan ulang yang disebut Reorganisasi dan Rasionalisasi (ReRa) ini mengakibatkan pangkat Soedirman turun satu tingkat menjadi Letnan Jenderal.[6] Pada tanggal 2 Januari 1948 Presiden Soekarno mengeluarkan Keputusan Presiden No.1 Tahun 1948, yang memecah Pucuk Pimpinan TNI menjadi Staf Umum Angkatan Perang dan Markas Besar Pertempuran.
Staf Umum dimasukkan ke dalam Kementerian Pertahanan di bawah seorang Kepala Staf Angkatan Perang (KASAP). Sementara itu Markas Besar Pertempuran dipimpin oleh seorang Panglima Besar Angkatan Perang Mobil (bergerak). Pucuk Pimpinan TNI dan Staf Gabungan Angkatan Perang dihapus.
Presiden mengangkat Komodor Suryadarma sebagai Kepala Staf Angkatan Perang dan Kolonel T.B. Simatupang sebagai wakilnya. Sebagai Panglima Besar Angkatan Perang Mobil diangkat Letnan Jenderal Soedirman.
Staf Umum Angkatan Perang bertugas sebagai perencanaan taktik dan siasat serta berkoordinasi dengan Kementerian Pertahanan. Sementara Staf Markas Besar Angkatan Perang Mobil, adalah pelaksana taktis operasional.[7]
Keputusan Presiden ini menimbulkan reaksi di kalangan Angkatan Perang. Maka pada tanggal 27 Februari 1948, Presiden mengeluarkan Penetapan Presiden No.9 Tahun 1948 yang membatalkan penetapan yang lama dan mengeluarkan penetapan baru. Dalam penetapan yang baru ini, Staf Angkatan Perang tetap di bawah Komodor Suryadarma, sementara itu Markas Besar Pertempuran tetap di bawah Panglima Besar Letnan Jenderal Soedirman, ditambah Wakil Panglima yaitu Jenderal Mayor A.H. Nasution. Angkatan Perang berada di bawah seorang Kepala Staf Angkatan Perang (KASAP) yang membawahi Kepala Staf Angkatan Darat (KASAD), Kepala Staf Angkatan Laut (KASAL) dan Kepala Staf Angkatan Udara (KASAU).
Menjadi Angkatan Perang Republik Indonesia
Pada tanggal 5 Maret 1948, diberlakukan Undang-Undang Nomor 3 Tahun 1948, Tentang Susunan Kementerian Pertahanan dan Angkatan Perang. Dalam Undang-Undang tersebut diatur bahwa Menteri Pertahanan berkewajiban untuk menyelenggarakan pertahanan negara dalam arti yang seluas-luasnya dengan menyelenggarakan Angkatan Perang Republik Indonesia (APRI) yang terbentuk dari Angkatan Darat, Angkatan Laut dan Angkatan Udara.
Menteri Pertahanan dalam menjalankan kewajibannya dibantu oleh Kepala Staf Angkatan Perang[8] yang dibantu oleh 3 orang anggota staf yaitu Kepala Staf Angkatan Darat, Kepala Staf Angkatan Laut dan Kepala Staf Angkatan Udara.[9]
Era Republik Indonesia Serikat
Setelah selesai perang kemerdekaan, jabatan Panglima Besar dihapus. Pada tahun 1949, sebagai hasil dari Konferensi Meja Bundar dengan dibentuknya negara Republik Indonesia Serikat, maka dibentuk pula Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat (APRIS) yang merupakan gabungan antara anggota Angkatan Perang Republik Indonesia dengan KNIL. Presiden RIS mengangkat Soedirman sebagai Kepala Staf APRIS dengan pangkat Letnan Jenderal.[10]
Negara Republik Indonesia Serikat tidak berumur panjang, dan Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat kembali menjadi Angkatan Perang Republik Indonesia.
Era Demokrasi parlementer
Pada tanggal 10 Juli 1951, Presiden Soekarno mengangkat Kolonel T.B. Simatupang sebagai Kepala Staf Angkatan Perang Republik Indonesia.[11]
Pada tahun 1955, dibuat suatu organisasi Gabungan Kepala-Kepala Staf yang merupakan bagian dari Kementerian Pertahanan[12] dan berada di bawah langsung Menteri Pertahanan.[13]
Gabungan Kepala-Kepala Staf ini diketuai oleh seorang Ketua, yang dijabat bergiliran mulai dari Angkatan Darat, Angkatan Laut dan Angkatan Udara. Gabungan Kepala-kepala Staf ini mempunyai fungsi sebagai penasihat dan perencana utama bagi Menteri Pertahanan untuk penetapan kebijaksanaan penyelenggaraan koordinasi dalam lapangan strategis-militer serta operasi antara Angkatan Darat, Angkatan Laut dan Angkatan Udara.[14]