Penambahan 5 wakil menteri dan 1 pejabat setingkat menteri (2009)

Pada 11 November 2009, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono menambah 5 posisi wakil menteri dan menambah posisi Kepala BKPM ke dalam kabinet.^[47] Berikut rinciannya

1. Bayu Krisnamurthi sebagai Wakil Menteri Pertanian
2. Hermanto Dardak sebagai Wakil Menteri Pekerjaan Umum
3. Bambang Susantono sebagai Wakil Menteri Perhubungan
4. Mahendra Siregar sebagai Wakil Menteri Perdagangan
5. Alex Retraubun sebagai Wakil Menteri Perindustrian
6. Gita Wirjawan sebagai Kepala Badan Koordinasi Penanaman Modal

Pergantian sekretaris kabinet dan penambahan wakil menteri (2010)

Pada 6 Januari 2010, sebanyak 3 posisi wakil menteri kembali ditambahkan.^[44]

1. Dipo Alam sebagai Sekretaris Kabinet, menggantikan Sudi Silalahi
2. Lukita Dinarsyah Tuwo sebagai Wakil Menteri Negara Perencanaan Pembangunan Nasional/Wakil Kepala Bappenas
3. Sjafrie Sjamsoeddin sebagai Wakil Menteri Pertahanan
4. Fasli Jalal sebagai Wakil Menteri Pendidikan Nasional

Sementara itu 2 posisi wakil menteri ditunda pelantikannya. Anggito Abimanyu yang seharusnya dilantik sebagai Wakil Menteri Keuangan dan Fachmi Idris yang seharusnya dilantik sebagai Wakil Menteri kesehatan. Penundaan pelantikan keduanya karena terganjal masalah administrasi. Namun kedua posisi ini kemudian tidak diisi oleh Anggito Abimanyu maupun Fachmi Idris di sepanjang jalannya kabinet.

Pergantian Menteri Keuangan dan penambahan wakil menteri keuangan (2010)

Pada 20 Mei 2010, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono melantik Menteri dan Wakil Menteri Keuangan. Posisi Menteri Keuangan diganti karena Sri Mulyani diangkat oleh Bank Dunia sebagai Direktur Pelaksana.^[48]

1. Agus Martowardojo sebagai Menteri Keuangan, menggantikan Sri Mulyani
2. Anny Ratnawati sebagai Wakil Menteri Keuangan

Perubahan Jaksa Agung (2010)

Pada 22 September 2010, Mahkamah Konstitusi mengabulkan sebagian gugatan Yusril Ihza Mahendra terhadap masa jabatan jaksa agung dalam UU No. 16 Tahun 2004, keabsahan jabatan Hendarman menjadi diperdebatkan. Menurut Ketua MK Mahfud MD, berdasarkan keputusan tersebut, sejak 22 September 2010 pukul 14.35 WIB, Hendarman tidak lagi menjadi Jaksa Agung yang sah. Sementara pemerintah melalui Menteri Sekretaris Negara Sudi Silalahi dan Staf Khusus Presiden Bidang Hukum Denny Indrayana, tetap berkeyakinan bahwa jabatan Hendarman sah karena tidak ada bagian dalam keputusan MK yang menyatakan apa yang dikemukakan oleh Mahfud tersebut.^{[26][49][50][51][52][53]}

Pada tanggal 24 September 2010, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono mengakhiri perdebatan dengan mengeluarkan keputusan presiden yang memberhentikan Hendarman. Sejak dikeluarkannya keppres tersebut, Hendarman resmi diberhentikan dan tugas serta wewenangnya dilaksanakan oleh Wakil Jaksa Agung Darmono sebagai pejabat sementara.^[54][55] Pada 26 November 2010, Basrief Arief dilantik sebagai Jaksa Agung.^[28][29]

Pergantian Menteri Kesehatan (2012)

Pada 13 Juni 2012, Presiden SBY mengumumkan pergantian Menteri Kesehatan karena pejabat sebelumnya mengundurkan diri.^[56] Endang Rahayu Sedyaningsih mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Menteri Kesehatan dikarenakan penyakit kanker yang dideritanya.^[57] Hingga pelantikan Nafsiah Mboi sebagai pengganti Endang, Ali Ghufron Mukti yang menjabat sebagai Wakil Menteri Kesehatan menjalankan tugas Menteri Kesehatan sebagai pelaksana tugas.

Pergantian Menteri Pemuda dan Olahraga (2012)

Pada 3 Desember 2012, Menteri Pemuda dan Olahraga Andi Malarangeng diumumkan sebagai oleh KPK terkait kasus korupsi pembangunan wisma atlet di Hambalang, Citeureup, Bogor. 4 Hari kemudian, Andi menyatakan mengundurkan diri dari jabatannya sebagai menteri.^[58] Tugas Menteri Pemuda dan Olahraga sementara dilaksanakan oleh Menteri Koordinator Kesejahteraan Rakyat, Agung Laksono. Pada 15 Januari 2013, Presiden SBY resmi melantik Roy Suryo sebagai Menteri Pemuda dan Olahraga.^[59]

Pergantian Menteri Agama (2014)

Pada 23 Mei 2014, Menteri Agama Suryadharma Ali (PPP) dinyatakan oleh KPK sebagai tersangka dalam kasus korupsi dana haji.^[60] Suryadharma Ali mengumumkan pengunduran dirinya pada 26 Mei dan mengirimkan surat pengunduran dirinya kepada Presiden dua hari setelahnya.^[61] Tugas dari Menteri Agama dilaksanakan sementara oleh Menteri Koordinator Kesejahteraan Rakyat, Agung Laksono. Pada 9 Juni 2014, Presiden SBY melantik Lukman Hakim Saifuddin sebagai Menteri Agama.^[62]