Honduras dan Meksiko menjalin hubungan diplomatik resmi pada tahun 1879.[1] Pada tahun 1908, kedua negara masing-masing mendirikan perwakilan diplomatik tetap di ibu kota masing-masing. Pada tahun yang sama, sebuah perjanjian 'Persahabatan, Perdagangan, dan Navigasi' ditandatangani antara kedua negara. Pada tahun 1943, perwakilan diplomatik mereka ditingkatkan menjadi kedutaan besar.[1]
Meksiko telah secara aktif mengamati dan terlibat dalam urusan Honduras sepanjang sejarah awal negara yang bergejolak, yang melibatkan kudeta, pemerintahan militer, intervensi Amerika Serikat, dan perang dengan negara-negara tetangga. Pada tahun 1969, Honduras berperang dengan El Salvador yang dikenal sebagai Perang Sepak Bola, dan Meksiko melakukan intervensi diplomatik serta berupaya menyelesaikannya di antara kedua negara. Pada bulan Juni 2009, Presiden Honduras Manuel Zelaya digulingkan dalam kudeta dan dibawa ke negara tetangga Kosta Rika. Seperti beberapa negara Amerika Latin lainnya, Meksiko untuk sementara memutuskan hubungan diplomatik dengan Honduras. Pada bulan Juli 2010, hubungan diplomatik penuh kembali terjalin.[3]
Selama beberapa dekade, Meksiko telah menjadi negara transit bagi ribuan migran Honduras yang memasuki negara tersebut dalam perjalanan mereka ke Amerika Serikat. Banyak migran Honduras melarikan diri ke Amerika Serikat untuk mendapatkan peluang ekonomi yang lebih baik dan/atau untuk menghindari kejahatan dan kekerasan geng yang merajalela di negara mereka, terutama dari kelompok MS-13/Mara Salvatrucha.[4] Pada tahun 2014, Meksiko mendeportasi lebih dari 33.000 migran Honduras kembali ke Honduras.[5]
Pemerintah Honduras dan Meksiko telah meningkatkan kerja sama untuk memberikan bantuan hukum dan kemanusiaan kepada migran Honduras di Meksiko serta memerangi perdagangan manusia dan kekerasan terhadap migran di Meksiko. Kedua negara juga sepakat untuk memerangi keberadaan kartel Meksiko yang beroperasi di Honduras.[6]
Pada tahun 2018, beberapa ratus hingga beberapa ribu warga Honduras menjadi bagian dari karavan migran Amerika Tengah dan melintasi seluruh Meksiko ke kota utara Tijuana untuk meminta suaka di Amerika Serikat.[7] Pada tahun yang sama, lebih dari 640 warga Honduras meminta dan memperoleh suaka di Meksiko di mana banyak yang memilih untuk tetap tinggal daripada menghadapi ketidakpastian mencoba meminta suaka di Amerika Serikat dan juga tidak ingin ditolak dan dideportasi kembali ke Honduras.[8] Pada tahun 2023, jumlah warga Honduras yang meminta suaka di Meksiko meningkat menjadi 40.142.[9]
Kedua negara telah menandatangani beberapa perjanjian bilateral seperti Perjanjian Kerjasama Pariwisata (1990); Perjanjian Pemberantasan Perdagangan Narkoba dan Ketergantungan Narkoba (1990); Perjanjian Kerjasama Ilmiah dan Teknis (1995); Perjanjian Kerjasama Pendidikan dan Kebudayaan (1998); Perjanjian tentang Eksekusi Bersama Hukuman Pidana (2003); Perjanjian tentang Bantuan Hukum Timbal Balik dalam Masalah Pidana (2004) dan Perjanjian tentang Penetapan Batas Maritim (2005).[29]
