Terminal ini merupakan terminal transit penumpang, di mana banyak trayek bus antarkota melewati area Kota Serang, di mana keseluruhan trayek mempunyai asal keberangkatan awal dari Merak, Rangkasbitung dan Labuan. Beberapa trayek tersebut, di antaranya rute Labuan - Jabodetabek, Merak - Jabodetabek, Merak - Jawa Barat, Merak - Lintas Jawa, dan sebagian rute Jabodetabek – Lintas Sumatra. Terminal ini melayani beberapa moda transportasi umum seperti angkutan kota, angkutan desa, angkutan perintis, angkutan mobil penumpang umum (MPU), dan angkutan antarkota.[1]
Angkutan Kota
Angkutan Kota Serang
Kota Serang dilayani oleh angkutan kota (angkot). Saat ini trayek angkutan Kota Serang tidak jelas, salah satu contohnya "saat hendak pergi ke Pasar Rau dari Terminal Pakupatan tetapi tiba-tiba di tengah perjalanan ada beberapa penumpang yang hendak ke Kebon Jahe maka otomatis penumpang menuju Pasar Rau akan diturunkan di tengah jalan".[2]
Berikut trayek angkutan kota Serang yang tertulis oleh pemerintah Kota Serang:
Terminal Pakupatan ini juga melayani angkot menuju wilayah Kabupaten Serang bagian timur yang melewati Jalan Raya Serang-Jakarta.
Berikut trayek angkot menuju Kabupaten Serang bagian timur:
Angkutan mobil penumpang umum (disingkat MPU) dilayani oleh kendaraan bus mikro (microbus) yang disebut "PS" oleh warga Banten. PS merupakan alat transportasi antarkota satu-satunya yang sering digunakan warga Kota Serang untuk bepergian menuju daerah di sekitar kawasan Banten bagian selatan seperti Labuan, Sumur, Cibaliung, Panimbang, Malingping, Cikeusik dan Binuangeun yang mempunyai kontur jalanan pegunungan yang sempit, berlubang dan berliku. PS ini mempunyai bentuk microbus dengan kapasitas sekitar 12 orang dan ditopang dengan rangka truk engkel merk Fuso Canter 100 PS, yang kadang diisi sampai dengan 20 orang menggunakan bangku tambahan.
Berikut merupakan daftar trayek angkutan mobil penumpang umum (MPU) yang tersedia di Terminal Pakupatan:
Serang - Malingping - Binuangeun - Cikeusik
Serang - Cibaliung - Sumur
Serang - Panimbang - Angsana
Angkutan Perintis
Angkutan Perintis dilayani oleh bus medium dari perusahaan bus DAMRI cabang Serang dan Sinar Jaya yang melayani daerah-daerah terpencil dan terisolir yang belum dilayani oleh perusahaan angkutan lain di wilayah Provinsi Banten.[3][4][5] Angkutan Perintis merupakan penugasan dari pemerintah untuk memenuhi kebutuhan masyarakat akan transportasi agar anak-anak dapat bersekolah, dapat menghemat biaya logistik, dan hasil bumi dapat terdistribusikan.
Berikut merupakan daftar trayek angkutan perintis yang tersedia di Terminal Pakupatan, di antaranya:
Serang - Kalideres: Murni, Murni Jaya, Asli Prima, AJA Group, Benteng Jaya(Ekonomi) AJA Group(Non Ekonomi)
Serang - Tanjung Priok: Asli Prima, Primajasa, AJA Group(Ekonomi) AJA Group(Non Ekonomi)
Serang - Kampung Rambutan: Alimun, Armada Jaya Perkasa, Asli Prima, Laju Prima, Murni Jaya, Primajasa, SM Prima, AJA Group(Ekonomi) Armada Jaya Perkasa, AJA Group(Non Ekonomi)
Keterangan: AJA Group meliputi Arimbi dan Bima Suci yang dikelola oleh operator bus PT Arimbi Jaya Agung.