Moda transportasi angkutan kota menghubungkan Terminal Pakusari dengan beberapa tujuan akhir di kawasan perkotaan Jember seperti Terminal Tawang Alun, Kampus Universitas Jember, dan Terminal Arjasa. Angkutan kota Jember ini mempunyai jadwal pemberangkatan setiap hari. Angkutan kota Jember ini dilayani oleh armada kendaraan berjenis Suzuki Carry berwarna kuning serta terdapat keterangan trayek lintasan di badan kendaraan. Berikut adalah trayek angkutan kota Jember (disertai keterangan kode trayek dan warna kendaraan) yang beroperasi di terminal ini.[3][4][5]
Angkutan bus antarkota dilayani oleh armada medium bus dan big bus dengan fasilitas kelas ekonomi. Armada medium bus non AC digunakan untuk melayani trayek dari dan menuju Banyuwangi. Metode pembayaran bus kelas ekonomi dilayani langsung di atas kendaraan (oleh kondektur), tanpa melalui agen/loket bus.
