Pada Juli 1966, El Salvador dan Honduras berperang selama 100 jam akibat pertandingan sepak bola, yang juga dikenal sebagai Perang Sepak Bola. Meskipun perang itu singkat, hubungan antara kedua negara tetap tegang selama lebih dari satu dekade. Pada tahun 1977, kedua negara menunjuk mantan Presiden Peru, José Bustamante y Rivero, sebagai mediator untuk negosiasi perdamaian antara El Salvador dan Honduras.[2] Pada 30 Oktober 1980, sebelas tahun setelah perang, kedua negara menandatangani perjanjian perdamaian di Lima, Peru dan sepakat untuk menyelesaikan sengketa perbatasan atas Teluk Fonseca dan lima bagian perbatasan darat melalui Mahkamah Internasional (ICJ).[2]
Pada tahun 1979, Perang Saudara El Salvador pecah di El Salvador. Sejak tahun 1982, Sekretaris Jenderal Perserikatan Bangsa-Bangsa, Javier Pérez de Cuéllar (asal Peru), memainkan peran besar dalam mediasi selama perang.[3] Akibatnya, Presiden Peru Alan García menjamu pejabat pemerintah El Salvador dan pemberontak FMLN ke Peru untuk diskusi perdamaian.[4] Pada tahun 1989, Sekretaris Jenderal Javier Pérez de Cuéllar menunjuk sesama warga Peru, Álvaro de Soto, sebagai Perwakilan Pribadi untuk Proses Perdamaian Amerika Tengah, dan Soto memimpin negosiasi yang mengakhiri perang saudara selama satu dekade di El Salvador.[5] Pada Januari 1992, Perjanjian Perdamaian Chapultepec ditandatangani oleh pemerintah El Salvador dan pemberontak di Kota Meksiko dan dengan demikian mengakhiri perang di El Salvador.
Sejak berakhirnya perang saudara, hubungan antara El Salvador dan Peru tetap erat. Kedua negara berpartisipasi dalam beberapa organisasi multilateral regional dan telah terjadi banyak pertemuan antara para pemimpin kedua negara. Pada November 2001, Presiden El Salvador Francisco Flores mengunjungi Peru untuk menghadiri KTT Ibero-Amerika ke-11 yang diadakan di Lima. Pada Oktober 2008, Presiden Peru Alan García mengunjungi El Salvador untuk menghadiri KTT Ibero-Amerika ke-18 di San Salvador.
Pada tahun 2017, kedua negara merayakan 160 tahun hubungan diplomatik.[1]
Perjanjian bilateral
Kedua negara telah menandatangani beberapa perjanjian seperti perjanjian Ekstradisi (2005)[6] dan Perjanjian tentang Promosi dan Perlindungan Timbal Balik Investasi (1996).[7] Sejak tahun 2010, kedua negara telah melakukan negosiasi mengenai perjanjian perdagangan bebas.[8]