1. Fase Konsolidasi Spritual (November 1946-5 Februari 1947)^[7]

Bermula dari latar belakang sejarah berdirinya HMI serta kondisi objektif yang mendorong berdirinya HMI. Setelah mengalami berbagai proses akhirnya dijawab secara konkrit, keputusan dan kesepakatan para mahasiswa yang hadir dalam rapat untuk mendirikan HMI 5 Februari 1945.^[16]

2. Fase Pengokohan (5 Februari 1947-30 November 1947)

Roda organisasi berjalan disertai aktivitas memperkenalkan HMI secara populer dikalangan mahasiswa maupun masyarakat luas.Di forum Kongres mahasiswa seluruh Indonesia yang berlangsung di Malang tanggal 8 Maret1947 HMI mengutus Lafran Panedan Asmin Nasution, Kongres mahasiswa seluruh Indonesia dapat dimanfaatkan sebagaiforum perkenalan HMI dengan mahasiswa dari kota-kota lain.

Beberapa bulan setelah Kongres tersebut berdirilah cabang-cabang HMI di Klaten, Solo dan Malang. Untuk tambah kokohnya kedudukan HMIyang baru berumur 9 bulan,dilangsungkannya Kongres I HMI di Yogyakarta tanggal 30 November 1947. Terpilih Sebagai Ketua Umum PB HMI MS Mintaredja.^[16]

3. Fase Perjuangan Fisik (30 November 1947-27 Desember 1949)

HMI yang lahir dalam suasana debu dan kabut revolusi yang Masih menghitam pekat terjun kegelanggang medan pertempuran memangkul senjata membantu pemerintah mengusir tentara penjajah, membela kehormatan bangsa, negara dan agama dari jajahan Belanda sampai bangsa Indonesia memperoleh kedaulatannya 27 Desember 1949. Sewaktu terjadi penghianatan dan pemberontakan PKI I di Madiun 18 September 1948, HMI ikut serta dalam penumpasan pemberontakan tersebut. Sejak Affair Madiun itulah dendam kesumat PKI tertanam kepada HMI.^[16]

4. Fase Pembinaan dan Konsolidasi Organisasi (1950-1963)

Tindakan memindahkan kedudukan PB HMI pada bulan Juli 1951 Dari Yogyakarta ke Jakarta, merupakan sikap arif bijaksana,xix Lukman E.Hakim ditunjuk sebagai Ketua PB HMI dan Mutiar Sebagai Sekjen, menggantikan Lafran dan Dahlan.Ternyata Lukman Hakim tidak mampu memulihkan citra HMI, seraya menyerahkan kepada A. Dahlan Ranuwihardja untuk memimpin dan membentuk PB HMI, sebagai tindak lanjut, setelah 5 bulan memimpin, adalah mengadakan Kongres darurat HMI, yang kemudian disahkan sebgai Kongres II di Yogyakarta 15 Desember 1951. Untuk priode 1951-1953 A.Dahlan Ranuwihardja duduk Sebagai Ketum PB HMI, Sekum I dipegang oleh M.Rajab Lubis.xxii Pembinaan anggota, dengan membentuk basis-basis, sejak Dari komisariat, cabang, badko, lembaga-lembaga otonom.^[16]

HMI yang sudah memproklamirkan fungsinya sebagai organisasi kader, mau tidak mau menjadikan perkaderan sebagai jantung kehidupan organisasinya. Namun sebetulnya aspek perkaderan di HMI mulai dibenahi secara serius pada akhir tahun 50-an di mana HMI sudah bertahun-tahun menjalankan peranannya, jadi perkaderan di HMI tidak lahir berbarengan dengan kelahiran HMI itu sendiri, melainkan lahir seiring proses waktu dan perubahan zaman.Awalnya hal itu baru mulai terpikirkan oleh para kader HMI (PB HMI) ketika masa kepengurusan Ismail Hasan Metareum (periode 1957-1960), dan masih berupa wacana-wacana yang digulirkan oleh PB HMI sendiri. Ismail Hasan yang merupakan penggagas utama ide perkaderan formal di HMI menginginkan agar HMI tidak menjadi tempat berkumpul orang yang punya kesamaan hoby atau aktivitas saja, tetapi menjadi second campus bagi para anggotanya. Selain itu, yang menjadi faktor penting pendorong gagasan diadakannya perkaderan formal di HMI adalah karena waktu itu Ismail Hasan melihat adanya perbedaan aliran pemikiran dalam dinamika pergerakan aktivitas HMI, di mana ada anggotanya yang punya background lingkungan pesantren dan ada juga yang cenderung sekuler ^[17]

5. Fase Tantangan Dan Penghianatan PKI (1964-1965)

Dalam rencana kerja 4 tahun PKI 1964-1967, di mana menurut dokumen itu, HMI termasuk salah satu musuh PKI yang harus dibubarkan. Tugas untuk membubarkan HMI diserahkan kepada CGMI, organisasi mahasiswa yang bernaung dibawah PKI. Puncak aksi tuntutan pembubaran HMI terjadi pada bulan September 1965, jika tanggal 13 September 1965, DN.Aidit sebagai Ketua CC PKI dianugerahi Bintang Mahaputra, pada saat yang sama pula Generasi Muda Islam Jakarta Raya, menunjukan solidaritas pembelaan terhadap HMI, empat hari berikutnya tanggal 17 September 1965, dengan keputusan komando tertinggi Retoling Aparatur Revolusi atau Kotrar (Bung Karno), HMI dinyatakan jalan terus tidak dibubarkan.

Besoknya 30 September 1965, PKI mengambil jalan pintas, sudah siap main kekerasan, dari pada didahului lebih baik mendahului, dengan makar, mengambil kekuasaan dari pemerintah yang sah dengan pemberontakan G30S. Berkat kesiap-siagaan ABRI dan rakyat yang anti PKI, dalam waktu relatif singkat Gestapu/PKI dapat digulung.^[16]

6. Fase HMI Penggerak Angkatan 66, Pelopor Orde Baru (1966-1968)

Atas inisiatif Wakil Ketua PB HMI Mar’ie Muhammad, Memprakarsai mendirikan Kesatuan Aksi Mahasiswa Islam (KAMI) 25 oktober 1965, kemudian disyahkan Manteri PTIP Prof. Dr. Syarif Thayeb, dengan tugas (1) Mengamankan Pancasila, (2) memperkuat bantuan kepada ABRI dalam penumpasan Gestapu/PKI sampai ke akar-akarnya. Massa aksi KAMI yang pertama, berupa rapat umum, dilaksanakan tangga 3 november 1965 dihalaman Fakultas Kedokteran UI Salemba Jakarta.

Tanggal 10 Januari 1966 KAMI mengumandangkan suara hati Nurani rakyat dalam bentuk Tritura, yang berisi: (1) bubarkan PKI, (2) Retooling Kabinet, (3) Turunkan Harga. Mengikuti kelahiran KAMI, Tanggal 9 Februari 1966 berdirilah Kesatuan Aksi Pemuda Pelajar Indonesia (KAPPI) dengan Ketum M. Thamrin dari PII.

Tuntutan Retol Kabinet malah dijawab dengan pembentukan Kabinet Dwikora.Kemarahan rakyat kemudian bergejala beralamat Pada Soekarno, yang dimata rakyat terkesan memandang ringan Tritura. Demonstrasi-demonstrasi rakyat dalam bentuk Kesatuan Aksi sejak 1 Maret1966, sudah 111 hari non stop, mencapai Puncaknya tanggal 11 Maret 1966. Dari Aksi Massa mahasiswa dan Rakyat itulah lahirnya surat Perintah 11 Maret atau Supersemar. Dengan menggunakan Supersemar, besoknya 12 Maret 1966, PKI dibubarkan dan dinyatakan dilarang diseluruh Indonesia, beserta segala organisasi mantel PKI.Setelah turunya Soekarno dan naiknya Soeharto sebagai Presiden Republik Indonesia HMI ikut mendukung pemerintahan yang baru.^[16]

7. Fase Partisipasi HMI Dalam Pembangunan dan Modernisasi (1969-1970)

Setelah tatanan orde baru mantap, maka sejak 1 April 1969 dimulailah Rencana Pembangunan Lima Tahun atau Repelita. Bentuk-bentuk partisapasi HMI, anggota dan alumninya dalam era Pembagunan yang dimulai tahun 1969 hingga sekarang meliputi: (a) partisapasi dalam pembentukan suasana, situasi dan iklim yang memungkinkan dilaksanakan nya pembangunan, (b) partisapasi dalam pemberian konsep-konsep dalam berbagai aspekpemikiran, (c) partisapasi dalam bentuk pelaksanaan langsung dari pembagunan.^[16]

Sesungguhnya mantan pemimpin HMI 1950-an dan angkatan 66 adalah generasi pertama HMI yang berpartisipasi kepada pemerintah dibawah patronase “kelompok teknokrat”. Hanya saja menurut M. Dawam Rahardja, mereka masuk ke birokrasi dan secara tegas mendukung modernisasi, tidak melalui diskusi yang sifatnya intelektual, tetapi berpartisipasi langsung dalam kegiatan pembangunan.^[18]

8. Fase Pergolakan Pemikiran (1970-1997)

Fase pergolakan pemikiran ini muncul tahun 1970, tetapi gejala-gejalanya sudah nampak sekian tahun 1968. Generasi baru pemikir dan aktivis Islam sejak1970-an berusaha mengembangkan di mana substansi, bukan bentuk merupakan titik-tekannya utamanya. Paham Keislaman-Keindonesiaan memberikan legitimasi kultural Dan struktural terhadap pembentukan “Negara Kesatuan Nasional” Indonesia disini diintegrasikan secara harmonis.

Tema dan agenda yang menarik perhatian mereka adalah (1) Peninjauan kembali landasan teologis atau filosofis politik Islam; (2) pendefinisian kembali cita-cita politik Islam; dan (3) peninjauan kembali tentang cara dan cita-cita politik dapat dicapai secara efektif. Adapun idealisme dan aktivisme mereka dapat dipetakan dalam tiga wilayah penting: (1) pembaharuan teologis atau keagamaan; (2) reformasi politik atau birokrasi; (3) tarnsformasi sosial.^[19]

9. Fase Reformasi (Mei 1998- Sekarang)

Terlepas dari faktor dukungan politik ABRI terhadap Soeharto Mulai melemah pada tahun 1990-an, yang pasti, upaya yang telah dirintis generasi intelektualisme baru ini membuahkan hasil. Pada era ini mulai tumbuh sikap akomodatif negara terhadap Islam dengan diterapkannya kebijakan-kebijakan yang sejalan dengan kepentingan sosial-ekonomi dan politik umat Islam.Setelah itu tidak ada lagi demonstrasi mahasiswa secara besar-besaran sampai muncul gerakan reformasi pada tahun 1998. Namun, hal ini tidak berarti bahwa turun kejalan itu buruk. Buktinya ketika rezim orde baru melemah mahasiswa kembali turun kejalan dan krisis moneter yang membuat Dolar Amerika ketika waktu normal hanya Rp 2.200 per dolar lalu tiba-tiba naik sampai Rp 17.000 perdolar, Akibatnya harga barang melambung tinggi, sementara pemerintah Soeharto tidak dapat mengendalikan keadaan, maka diapun jatuh.^{[7][16][18][19][20]}