* Penampilan dan gol di klub senior hanya dihitung dari liga domestik dan akurat per 16 Mei 2026 ‡ Penampilan dan gol di tim nasional akurat per 1 Juli 2026
Bongonda mengawali kariernya bersama JMG Academy sebelum bergabung dengan akademi Zulte-Waregem pada tahun 2013. Pada tahun yang sama, ia memulai karier profesional bersama Zulte-Waregem. Pada tahun 2015, ia bergabung dengan klub Spanyol Celta. Selama membela Celta, ia sempat dipinjamkan ke klub Turki Trabzonspor pada musim 2017–2018 dan kembali dipinjamkan ke Zulte-Waregem pada tahun 2018 sebelum bergabung secara permanen dengan klub tersebut pada tahun yang sama. Pada tahun 2019, ia pindah ke klub Belgia Genk, kemudian bergabung dengan klub Spanyol Cádiz pada tahun 2022. Sejak tahun 2023 hingga 2026, ia bermain untuk klub Rusia Spartak Moskow.
.jpg)
