Sejak dikeluarkannya Dekrit Presiden 5 Juli 1959, Prijono yang menjabat sebagai Menteri PP dan K mengeluarkan Instruksi nomor 1 tahun 1959 tentang Sapta Usaha Tama yang berisikan:
Disusul instruksi selanjutnya yaitu Instruksi nomor 2 tahun 1960 yang menegasan Pancasila dan Manipol USDEK sebagai landasan pendidikan nasional. Pada tahun yang sama pada bulan October Panca Wardana ditetapkan sebagai sistem Pendidikan Nasional. Adapun isi dari Panca Wardana itu sendiri antara lain:
Perkembangan Cinta Bangsa dan Tanah Air, Moral, Nasional/ Internasional/ Keagamaan
Gagasan ini paling tidak telah disetujui oleh Soekarno yang pada saat itu digelari Pemimpin Besar Revolusi seperti yang diakuinya sendiri dalam pidatonya (TAVIP).
Pada tahun 1965 terjadi huru hara politik yang hampir semua kekuatan kiri mulai disingkirkan perlahan-lahan dan pada tanggal 16 Maret1966, ia diculik oleh aktivis yang tergabung dalam gerakan mahasiswaKAPPI dan Laskar Arief Rahman Hakim untuk dibawa ke markas Kostrad.[6] sampai kemudian meninggal dunia pada tahun 1969. Pernikahannya membuahkan satu orang putra bernama Lembu Amiluhur Prijono atau Ami Prijono yang kemudian menjadi aktor pada tahun 1970-an.
12Australian Institute of International Affairs. 1958. The Australian Outlook, Volume 12-13. Sydney: Australian Institute of International Affairs, hlm. 265.