Spesies ini berkerabat dekat dengan ungka pipi-putih selatan (Nomascus siki), yang sebelumnya dianggap sebagai spesies yang sama dengan ungka pipi-putih utara.[3] Betina dari kedua spesies ini hampir tidak dapat dibedakan secara visual.[4]
Genom N. leucogenysdiurutkan dan dipublikasikan pada tahun 2011.[5]
