Posisi ini dimulai pada Mei 1948, ketika Kantor Urusan Pegawai pertama kali dibentuk. Kantor Urusan Pegawai pertama kali dijabat oleh Raden Pandji Soeroso.
Pada tahun 1972, jabatan ini berubah menjadi Kepala Badan Administrasi Kepegawaian Negara.[2] Pada tahun 2000, nama Kepala Badan Administrasi Kepegawaian Negara berubah menjadi Kepala Badan Kepegawaian Negara.[3]
Sepanjang sejarah terdapat 16 orang yang pernah menduduki posisi ini. Arsenius Elias Manihuruk adalah pejabat terlama yang menduduki posisi ini, yakni selama 7003570200000000000♠15tahun, 224hari, sedangkan Sunarti pejabat dengan durasi menjabat tersingkat, yakni selama 7002212000000000000♠212hari.
Dalam birokrasi Kepala BKN berstatus sebagai Pimpinan Tinggi Utama, mempunyai tugas memimpin Badan Kepegawaian Negara dalam menjalankan tugasnya di bidang manajemen kepegawaian negara sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.