Kepala Badan Pengawas Tenaga Nuklir (disingkat Kepala Bapeten) adalah pemimpin lembaga nonkementerian Badan Pengawas Tenaga Nuklir. Posisi ini dibentuk pada tahun 1999, pertama kali dijabat oleh Mohammad Ridwan.
Saat ini telah ada 5 pejabat definitif dan 2 pejabat pelaksana tugas yang pernah menduduki posisi ini. Kepala Bapeten saat ini yakni Zainal Arifin. Berikut pejabat yang pernah menduduki posisi Kepala Badan Pengawas Tenaga Nuklir.
