Saanei lahir pada bulan Persia Aban 1318 SH dan bulan Syaban 1458 H di desa pertanian semi-gurun Yingabad (kini Nikabad), 60 km di barat daya Isfahan.[5] Ia adalah anak ketiga dari empat bersaudara (anak kelima meninggal saat bayi) dari Hujjud-al-Islam Mohammed Ali Saanei (1892–1974) dan istrinya Sharbonoo (1899–1947).[6]
Ayahnya, meskipun kehilangan ayahnya sendiri pada usia enam tahun dan mengalami gangguan penglihatan sebagian, berhasil berkembang dari mullah desa tanpa pendidikan formal menjadi pelajar hawza pada usia tiga puluhan, lalu mengabdi kepada masyarakatnya selama lima puluh tahun. Kakeknya dari pihak ayah, Hajjmulla Yousef Yingabadi (1867–1899), adalah ulama lulusan Isfahan yang dikenal memiliki rasa keadilan sosial yang kuat dan aktif dalam gerakan tembakau Ayatollah Shirazi di wilayah Isfahan pada awal 1890-an.[7]
Pada usia enam tahun, Saanei memulai pendidikan di maktab setempat, lalu belajar di rumah bersama ayahnya setelah sang ayah menyadari kecerdasannya, dengan mempelajari Al-Qur'an dan teks-teks dasar lainnya pada masa itu.[8] Menjelang ulang tahunnya yang kesepuluh, pada musim gugur 1947, ia bersama ayah dan saudaranya Hassan (yang juga menjadi ulama dan pejabat politik) berangkat ke hawza di Isfahan dan belajar di Madrasah Kasseh Garan di kota tersebut, sementara ayahnya kemudian kembali ke Nikabad.[9] Di Isfahan, guru yang paling berpengaruh baginya adalah sejarawan Allamah Mirza Mohammed Ali Habib Abadi (1890–1976).[10][11]
Saanei menyelesaikan studi pendahuluannya—setara sekolah menengah—pada tahun 1951, lalu pergi ke Qom untuk melanjutkan pendidikan.[12] Pada tahun 1955, ia meraih hasil baik dalam ujian tingkat pertama (setara gelar sarjana) sehingga memperoleh penghargaan dari Ayatollah Agung Borujerdi.[4] Selama di Qom, ia belajar kepada para teolog terkemuka pada zamannya, termasuk Mohammad Mohaghegh Damad, Abbas Ali Shahroudi, Mohammad Ali Araki, dan Borujerdi sendiri selama sekitar satu tahun. Pendidikan yang paling berpengaruh baginya berasal dari tujuh tahun belajar bersama Khomeini hingga pengasingan Khomeini pada tahun 1964.[13] Pada usia 22 tahun, ia memperoleh derajat ijtihad yang memungkinkannya mengeluarkan penilaian keagamaan sendiri.[14]
Pada September 1964, Ayatollah Saanei menikahi Khanum Shafiei (meninggal 2012) dan memiliki dua putra serta seorang putri. Salah satu putranya, Fakruddin (Saeed), juga menjadi ulama dengan gelar kehormatan Hujjud-al-Islam.[15]
Karier
Ia mulai mengajar secara rutin di hawza Qom sejak dekade 1950-an. Pada tahun 1975, Saanei menjadi pengajar di Sekolah Tinggi Agama Haghani. Belakangan, ia memperoleh gelar Ayatollah Agung. Pada tahun 1980, ia diangkat sebagai ketua Dewan Garda. Saanei pensiun dari dewan tersebut pada tahun 1983 dan sejak itu tidak lagi memegang jabatan politik.[4]
Menurut CBS GlobalPost, Saanei dianggap sebagai “penerus” Ayatollah Agung Hussein-Ali Montazeri dan sebagai “pemimpin spiritual” gerakan oposisi politik Iran.[16] Setelah desakan dari banyak murid dan cendekiawan, Saanei menerbitkan risalahnya pada tahun 1993, sehingga menjadi seorang marja', atau sumber panutan dalam persoalan hukum agama bagi umat lain.[17]