Stasiun ini memiliki empat jalur kereta api dengan jalur 1 merupakan sepur lurus, jalur 2 dan 3 yang digunakan untuk persilangan maupun penyusulan antarkereta api, serta jalur 4 yang kini sudah dinonaktifkan.
Jalur 3 dan 4 dahulu digunakan untuk kegiatan bongkar muat peti kemas dari Tanjung Priok maupun Kalimas—kereta api tersebut hanya beroperasi sekali dalam dua hari.[3] Namun, adanya suatu perencanaan dalam pembangunan frontage roadWaru–Buduran mengakibatkan kegiatan tersebut dipindahkan sepenuhnya ke Stasiun Kalimas, Surabaya, sejak awal 2015.[4]
Pada 2025, peron sisi serta peron pulau antara jalur 1 dan 2 di stasiun ini ditinggikan sehingga memudahkan penumpang naik turun kereta api. Selain itu, di emplasemen stasiun ini ditambahkan kanopi (overcapping) agar penumpang tidak lagi kepanasan ataupun kehujanan saat menunggu maupun naik turun kereta api.
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2025 revisi per 1 Maret 2026.[5]
Perjalanan menuju Gresik dua kali pada jadwal pagi dan sekali pada jadwal siang, sedangkan sebaliknya hanya sekali masing-masing pada jadwal pagi dan siang.
