2 (satu peron sisi dan satu peron pulau yang sama-sama rendah)
Jumlahjalur
3 (jalur 1: sepur lurus)
Layanan
Lintas selatan Jawa: Baturraden Ekspres, Kutojaya Selatan (reguler & tambahan, kecuali jadwal tambahan arah Kutoarjo), Serayu, Pasundan (reguler & tambahan, arah Surabaya), Lodaya (jadwal malam arah Bandung), dan Malabar (jadwal pagi arah Malang)
Emplasemen Stasiun Jeruklegi dari tengah JPL 454, 2023
Per 1 Maret 2023, stasiun ini kembali melayani pemberhentian penumpang kereta api antarkota setelah beberapa tahun sebelumnya hanya melayani persilangan dan penyusulan antarkereta api.[3]
Pemberhentian hanya untuk perjalanan arah Surabaya.
Insiden
Stasiun Jeruklegi, 2009
Pada tanggal 14 Juli 2015, kereta api Mutiara Selatan tujuan Surabaya Gubeng, yang hendak persiapan memasuki Stasiun Jeruklegi, menabrak seorang pemuda yang sedang mabuk dan tiduran di atas rel, di Desa Jeruklegi Kulon. Akibatnya pemabuk tadi terlindas oleh roda-roda kereta api.[5]
Pada tanggal 30 Mei 2016 pukul 11.15 WIB, seorang guru Madrasah Ibtidaiyah yang tengah berdiri di tengah rel tewas tertabrak kereta api Kutojaya Selatan di km 308+2 petak jalan Maos-Lebeng. Kejadian ini diduga karena depresi akibat gagal menikah. Akibatnya, kereta api tersebut harus berhenti luar biasa di Stasiun Jeruklegi untuk melaporkan kejadian tersebut.[6]
Pada tanggal 19 Maret 2017 pukul 14.13 WIB, seorang pria dengan gangguan jiwa tewas ditabrak kereta api Argo Wilis. Masinis kemudian melaporkan kejadian tersebut ke Stasiun Jeruklegi sesaat setelah menabrak orang tersebut.[7]
