Aktivitas pasca-Kashmir
Kashmiri menolak perintah untuk berada di bawah pimpinan Maulana Masood Azhar dalam organisasi jihadis yang baru dibentuk, Jaish-e-Mohammed, dan bahkan pernah menjadi sasaran kelompok tersebut.[1] Setelah hubungannya memburuk dengan militer Pakistan, ia ditahan dan disiksa pada akhir 2003 menyusul upaya pembunuhan terhadap Presiden Musharraf.[1] Sejak dibebaskan pada Februari 2004[4] hingga Pengepungan Lal Masjid tahun 2007, ia tampaknya tidak banyak beraktivitas, tetapi kemudian kembali memimpin Brigade 313 dalam organisasi teroris Harkat-ul-Jihad al-Islami (HuJI), yang memiliki hubungan erat dengan Al-Qaeda. Kashmiri membangun kembali kekuatan kelompok tersebut sambil bekerja sama dengan Taliban. Hal ini merupakan bagian dari pergerakan lebih luas para militan Kashmir yang berpindah ke Waziristan,[20] dan Kashmiri dilaporkan memindahkan personel dari kamp pelatihannya di Kotli (di Azad Kashmir) ke kamp baru di Razmak (Distrik Waziristan Utara, Khyber Pakhtunkhwa).[21] Dakwaan Amerika Serikat terhadap Kashmiri menyatakan bahwa ia "secara rutin berhubungan dengan al Qaeda [huruf miring dari mereka] dan khususnya dengan Mustafa Abu al Yazid..."[22]
Kashmiri dikaitkan dengan sejumlah serangan, termasuk Serangan Mumbai 2008, Pengeboman Pune 2010, pembunuhan Benazir Bhutto, dan pembunuhan Ameer Faisal Alavi.[1][23][24] Syed Saleem Shahzad menulis bahwa Kashmiri mengusulkan serangan Mumbai kepada para pemimpin Al-Qaeda sebagai cara untuk menciptakan perang yang akan menghentikan operasi terhadap Al-Qaeda. Rencana tersebut disetujui dan diserahkan kepada mantan komandan LeT, Mayor Haroon Ashique. Menurut Asia Times Online, Kashmiri berada di balik rencana tahun 2008 untuk membunuh Kepala Staf Angkatan Darat Jenderal Ashfaq Parvez Kayani ketika ia keluar dari mobilnya dalam kunjungan rutin ke sebuah gym; namun pimpinan Al-Qaeda menolak rencana tersebut dengan alasan strategis.[25] Menurut The News International, Kashmiri dituduh mengorganisasi Serangan Camp Chapman Desember 2009 terhadap CIA, dan Amerika Serikat berupaya menangkap serta mengekstradisinya.[26]
Pada awal 2010, Kashmiri dilaporkan menjadi pemimpin baru Lashkar al-Zil Al-Qaeda, atau Tentara Bayangan, setelah kematian pemimpin sebelumnya Abdullah Said al Libi akibat serangan drone Amerika.[27] Menurut jurnalis Amir Mir, yang mengutip sumber keamanan Pakistan, Kashmiri kemudian ditugaskan untuk mengorganisasi serangan terhadap target Barat setelah komando regional diambil alih oleh Saif Al-Adel, mantan kolonel Angkatan Darat Mesir yang baru dibebaskan dari Iran.[28] Sebelum kematiannya, bin Laden meminta Kashmiri untuk merencanakan serangan terhadap Barack Obama, menurut sebuah kolom oleh David Ignatius yang diterbitkan di situs web Washington Post. Ignatius menyatakan bahwa tulisannya didasarkan pada dokumen yang disita dari penggerebekan di kompleks bin Laden.[29] Setelah terbunuhnya pemimpin Al-Qaeda Osama bin Laden pada 2 Mei 2011 dalam operasi Amerika di Abbottabad, Khyber Pakhtunkhwa, Pakistan, sejumlah analis terorisme menyebut nama Kashmiri sebagai salah satu kandidat yang mungkin menggantikan posisi kepemimpinan organisasi tersebut.[30][31][32]
Dakwaan Amerika Serikat
Pada 27 Oktober 2009, siaran pers dari Departemen Kehakiman Amerika Serikat menyebut Kashmiri sebagai konspirator yang diduga menerima laporan dari seorang warga negara Amerika asal Chicago, David Headley, yang ditangkap atas tuduhan terkait terorisme. Pernyataan tersebut juga mencatat bahwa Kashmiri "mengeluarkan pernyataan bulan ini bahwa ia masih hidup dan bekerja sama dengan Al-Qaeda".[33] Laporan investigasi menyatakan bahwa Kashmiri "secara rutin berhubungan dengan Headley untuk beberapa waktu dan komunikasi mereka menunjukkan bahwa mereka sedang merencanakan serangan baru di India".[34] Headley dilaporkan sangat terpukul oleh kabar kematian Kashmiri, tetapi setelah menerima konfirmasi bahwa ia masih hidup, ia berangkat ke Pakistan, dan pada saat itulah ia ditangkap oleh FBI.[35] Kashmiri secara resmi didakwa atas dua tuduhan, yaitu "konspirasi untuk membunuh dan melukai di Denmark" (menargetkan surat kabar Jyllands-Posten) dan "konspirasi untuk memberikan dukungan material terhadap terorisme di Denmark".[22] Dalam kesaksian pengadilan pada 31 Mei 2011, Headley menyatakan bahwa ia melakukan riset awal untuk Kashmiri dalam sebuah rencana yang menargetkan Robert J. Stevens, CEO Lockheed-Martin, kontraktor pertahanan.[36]
Upaya pembunuhan dan laporan kematian tahun 2009
Kashmiri dilaporkan tewas bersama Hanifullah Janikhel dan Kaleemullah di Machikhel, Distrik Waziristan Utara pada 7 September 2009 ketika mereka terkena serangan misil dari drone Amerika Serikat.[39] Pada saat itu ia dilaporkan termasuk dalam 10 komandan militan paling dicari di Pakistan.[21] Namun, pada pertengahan Oktober Kashmiri dilaporkan selamat dari serangan udara tersebut dan memberikan wawancara kepada Syed Saleem Shahzad dari Asia Times.[40][41] Seorang pejabat senior Amerika kemudian dikutip oleh The Washington Times dengan mengatakan, "Meskipun ada indikasi awal bahwa Kashmiri mungkin sudah mati, kini ada alasan untuk percaya bahwa ia masih hidup".[42] Salah satu rumor di kalangan militan menyebutkan bahwa Kashmiri sedang berada di luar rumah untuk buang air kecil ketika rumah yang ia tinggali terkena serangan.[43]