Awalnya masjid ini dibangun tak lama setelah jatuhnya Pulau Euboia ke Ottoman pada abad ke-15, dan merupakan salah satu dari tiga masjid di dalam kota bertembok.[1]Evliya Çelebi, seorang penjelajah dan penjelajah Ottoman, mengunjungi kota Khalkis pada abad ke-17, mencatat adanya sebelas masjid termasuk Masjid Emir Zade.[2]Minaret dan serambi bertahan utuh hingga sekitar pertengahan abad ke-19, berdasarkan gambar cat air oleh Andre Couchaud pada tahun 1843.[2]
Setelah Perang Kemerdekaan Yunani pada tahun 1821 dan pembebasan Khalkis dari Turki Ottoman, bangunan ini diubah menjadi barak.[1] Kemudian pada tahun 1937, bangunan ini dinyatakan sebagai monumen bersejarah, dan menjadi bagian dari koleksi arkeologiabad pertengahanKhalkis, tetapi museum ini tidak terbuka untuk umum.[1] Sejak akhir tahun 1950-an bangunan ini dipugar secara bertahap, sedangkan pada periode tahun 1970 hingga 1973 mengalami pemugaran secara keseluruhan.[2]
