Sebagai konsekuensi dari kesepakatan MoU Helsinki, GAM di haruskan membubarkan sayap militernya, Tentara Nanggroe Aceh (TNA). GAM selanjutnya mendirikan sebuah organisasi baru yang di beri nama Komite Peralihan Aceh (KPA). Komite Peralihan Aceh (KPA) dibentuk untuk menjaga kendali dan sumber data atau informasi mengenai mantan GAM. Pengurusnya terdiri dari panglima-panglima GAM dari tingkat wilayah sampai kecamatan. Melalui wadah organisasi ini di maksudkan agar mantan GAM tetap terkendali. Butir-butir MoU memberi peluang kepada mantan gerilyawan Gerakan Aceh Merdeka (GAM) untuk berpartisipasi dalam proses politik di Aceh. Proses ini akan menjadi babak baru bagi GAM untuk melakukan transformasi dari gerakan bersenjata ke gerakan politik. Pemilihan kepala daerah (pilkada) langsung yang dilakukan serentak untuk 23 Kabupaten/Kota termasuk pemilihan Gubernur di Aceh pasca perjanjian damai Helsinki merupakan ujian pertama Komite Peralihan Aceh (KPA) dalam transformasi politik.[3]
