Indrajaya memiliki rekam jejak aktif dalam organisasi termasuk sebagai Wakil Bendahara Pimpinan Pusat Pagar Nusa Nahdlatul Ulama dan Wakil Ketua DPW PKBPapua Selatan. Sebelumnya, ia pernah menjabat sebagai Tenaga Ahli Anggota DPR RI dari Fraksi Partai Kebangkitan Bangsa.