Kaisar MughalAkbar Agung mengundang pastor Yesuit dari Goa Portugis sehingga dia dapat belajar lebih banyak tentang Agama Katolik. Jadi, Romo Rodolfe Aquauiua, Romo Anthony Monserrate[Wikidata] dan Romo Francois Henriques mencapai Agra pada tanggal 18 Februari 1580. Akbar belajar tentang agama Katolik dan memberikan tanah kepada Yesuit untuk membangun gereja di Agra. Gereja ini adalah Gereja Katolik pertama di Kekaisaran Mughal. Setelah Akbar, putranya Jahangir yang menyumbang untuk perluasan Gereja lebih lanjut.[5]Khwaja Martins dan Mirza Sikandar Junior juga berkontribusi untuk ekspansi. Gereja tersebut dihancurkan oleh Kaisar Shah Jahan pada tahun 1635, setelah ia menangkap para Imam Yesuit yang melanggar batas agama Islam dan setuju untuk melepaskan mereka hanya jika mereka menghancurkan Gereja. Gereja ini dibangun kembali pada tahun 1636 dengan izin Kaisar MughalShah Jahan setelah pengampunan dari para Jesuit.
Misa Kudus Pertama dirayakan di Gereja pada tanggal 8 September 1636. Pada tahun 1761, setelah Pertempuran Panipat Ketiga gereja dijarah oleh Penjajah Afghanistan di bawah Ahmed Shah Abdali.[6]
Pada tahun 1610, tiga Pangeran Kerajaan, keponakan Kaisar Jahangir, Tahmuras (Don Felipe), Baisanghar (Don Carlos) dan Hoshang (Don Henrique),[7] telah dikatekisasi oleh Romo Corsi, S.J.,[8] dibaptis oleh Romo. Jerome Xavier S.J. di Gereja ini.[9][10]
