Analisis filogenetik menempatkan Ganzhousaurus dalam Oviraptoridae. Dalam Oviraptoridae, posisi filogenetiknya lebih tidak stabil, dengan satu analisis filogenetik menetapkannya sebagai anggota Oviraptorinae dan analisis lain menetapkannya sebagai anggota kelompok yang lebih turunan, berkerabat dekat dengan "ingeniine"[1][2] Namun, ia juga memiliki beberapa kemiripan dengan caenagnathid basal Gigantoraptor.[1]
Paleobiologi
Ganzhousaurus berbagi habitat dengan setidaknya empat spesies oviraptorid lainnya, Jiangxisaurus ganzhouensis, Nankangia jiangxiensis, Banji long, dan satu spesies yang belum diberi nama. Keanekaragaman ini mungkin dimungkinkan oleh pembagian relung, di mana Ganzhousaurus terutama bersifat herbivora.[3]