Masa pendidikan
Pendidikan formalnya, KH. Zulfa Mustofa mulai di Jakarta hingga kelas 3 SD, di SD Al-Jihad, Tanjung Priok, Jakarta Utara. Ketika naik kelas 4 SD, beliau melanjutkan sekolah ke Pekalongan sampai tamat. Beliau kemudian meneruskan pendidikan tsanawiyah ke Madrasah Tsanawiyah Salafiyah Simbangkulon. Saat naik ke kelas 2 tsanawiyah, beliau pindah ke Kajen, Margoyoso, Pati, Jawa Tengah.[4]
Ada 2 orang gurunya yang sangat berwibawa dan berkesan untuknya selama nyantri di Kajen, yaitu KH. A Sahal Mahfudh dan KH. Rifa'i Nasuha yang merupakan guru dari Kiai Sahal Mahfudh pada tahun 1996, setelah beliau selesai menyelesaikan pendidikan madrasah aliyah nya, pada bulan Ramadan, beliau kembali ke Jakarta.[5]
Namun, keinginannya untuk kuliah ke Timur Tengah, ke Al-Azhar atau ke Makkah, tidak bisa beliau wujudkan karena ayahnya wafat tepat pada malam Idul Fitri. Sepeninggal ayahnya, beliau kemudian menggantikan posisi ayahnya untuk mengajar di majelis taklim yang diasuh ayahnya semasa hidup, sekitar 5 majelis taklim, walau ketika itu usianya masih sangat muda, 19 tahun. KH. Zulfa Mustofa sendiri mempunyai majelis taklim yang ia namakan Darul Musthofa. Pada tahun 2000.[6]