Penggunaan aksara Ya sama dengan penggunaan Ya (Dewanagari: य) dalam abjadbahasa Sanskerta. Dalam sistem penulisan dengan aksara Bali, Ya digunakan pada kata-kata yang mengandung bunyi /j/, baik dari bahasa Bali, maupun bahasa non-Bali. Selama Ya tidak dibubuhi oleh pangangge suara, maka Ya dibaca "ya" (lafal: /jə/ atau /ja/, tergantung kata).
Menurut kepercayaan umat Hindu di Bali, Ya merupakan salah satu dari Dasa aksara, atau Sepuluh Aksara Suci. Ya yang ditulis dengan dibubuhi ulu candra merupakan aksara suci bagi Dewa Siwa.