Wilayah ini diyakini mengandung beberapa perwakilan modern terbaik dari flora dan fauna asli Gondwana, yang menjadi salah satu alasan tempat ini dijadikan sebagai situs warisan.[1]
Te Wahipounamu menjadi tempat tinggal banyak hewan asli, serta mengandung populas burung hutan terbesar dan yang paling signifikan di negaranya. Total populasi liar takahē, yaitu sekitar 170 ekor, ditemukan pada beberapa lembah gunung di Fiordland. Di sepanjang pesisir barad daya, sebagian besar anjing laut bulu Selandia Baru dapat ditemukan. Selain itu, dapat ditemukan pula kiwi cokelat selatan, kiwi totol besar, parkit mahkota kuning, penguin fiordland, alap-alap selandia baru, dan itik cokelat. Kākāpō, nuri terberat dan terlangka di dunia, ditemukan di wilayah ini hingga awal 1980-an.[2]
