Hanya ada satu kereta api yang melayani penumpang di Stasiun Bajalinggei, yaitu kereta api lokal Siantar Ekspres. Sejak bulan Juni 2021, layanan KA Siantar Ekspres tidak lagi dilayani di Stasiun Bajalinggei, sehingga stasiun ini hanya melayani persilangan dan persusulan antarkereta api saja. Barulah mulai 1 Februari 2025, Stasiun Bajalinggei kembali melayani penumpang KA Siantar Ekspres.[3]
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2025.[4]