Embrio berdirinya SMAN 2 Pontianak dimulai dari SMA Pegawai yang didirikan pada 15 September 1959 oleh Bapak Herman Suwargo, yang juga menjabat sebagai Kepala Sekolah pertama. Awalnya, kegiatan belajar SMA Pegawai berlangsung di SMA Pontianak (kini SMA Negeri 1 Pontianak) pada sore hari.
Setelah dua tahun SMA Khatulistiwa yang dipimpin oleh Bapak R. Sugianto terjadi perubahan status sekolah dari sekolah yang berstatus swasta, maka dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 102/SK/B/II/65-66 tanggal 28 Agustus 1965, terhitung mulai 1 Agustus 1965 SMA Khatulistiwa statusnya menjadi SMAN 2 Pontianak.
Terjadinya peristiwa G.30S/PKI, sebulan setelah penegerian SMAN 2 Pontianak, terjadi pula pengambilan gedung sekolah Chen Ching bersama SMP Negeri 8, sedangkan Jasdanm XII Tanjungpura menempati bagian depan.
Perpindahan SMAN 2 Pontianak dari Jalan Sumatera ke Gedung yang sekarang menjadi pusat pertokoan Kapuas Indah masih dipimpin oleh R. Sugianto. Pada tahun 1970 R. Sugianto mutasi ke Jakarta dan diganti oleh Bapak M. Woeridin yang merupakan kepala SMAN 3 Pontianak. Namun setahun kemudian yaitu pada tahun 1971 diserah terimakan kepada Bapak Muslimin Saidin, SH.
Dibangunnya SMPP di Jalan Sulawesi memberi peluang untuk SMAN 2 Pontianak pindah ke SMPP, meskipun hanya kelas II dan III sedangkan kelas I tidak menerima siswa, karena menerima siswa kelas I SMPP yang pertama. Jadi dengan demikian pada tahun 1974 Gedung SMPP (sekarang menjadi SMA Negeri 7 Pontianak) ditempati dua sekolah yaitu SMPP untuk kelas I dan SMA Negeri 2 untuk kelas II dan III, dengan kepala sekolah yaitu Bapak Muslimin Saidi, SH. Pada tahun 1975 SMAN 2 Pontianak menerima kelas I meskipun harus masuk sore, sedangkan kelas III bersama kelas I dan II SMPP.
Ada rencana SMAN 2 Pontianak akan dilebur dan bergabung dengan SMPP, tetapi rencana tersebut tidak jadi.
Pada tahun 1976 Bapak Muslimin Saidi, SH melepaskan jabatan rangkap kepala sekolah. Kepala SMAN 2 Pontianak diserahkan kepada Bapak R. Soemantri, BA. Bersamaan dengan itu secara bertahap mulai tahun 1975 di belakang Gang Agung Kelurahan Sungai Jawi Luar Pontianak di bangun SMAN 2 Pontianak yang ditempati hingga sekarang.
Setelah selesai bangunan tahap pertama, maka pindahlah SMAN 2 Pontianak dari Gedung SMPP ke Gedung Baru yang diresmikan oleh Wali kotamadia M. Barir, SH pada tanggal 26 Februari 1976 dengan Kepala Sekolah R. Soemantri, BA.
Bulan November 1982 terjadilah pergantian jabatan kepala sekolah dari Bapak R. Soemantri, BA kepada Bapak M. Woeridin dari SMA Negeri 3 Pontianak. Sedangkan R. Soemantri menjabat kepala SMPP.
Setelah lima tahun menjabat, Bapak Woeridin pada 6 Oktober 1987 mendapat penugasan baru sebagai kepala sekolah di Sekolah Indonesia di Riyadh dan Jeddah, Arab Saudi. Jabatannya kemudian digantikan oleh Bapak Matnusin Harahap, B.A., yang sebelumnya menjabat sebagai kepala SMA Negeri 1 Pontianak.
Selanjutnya Bapak Matnusin Harahap memasuki masa pensiun, kepemimpinan sekolah dilanjutkan oleh Drs. Rusmani Handayani, yang sebelumnya menjabat sebagai kepala SMA Negeri 3 Singkawang. Serah terima jabatan dilaksanakan pada 30 April 1996. Rusmani Handayani memimpin SMA Negeri 2 Pontianak hingga Maret 2003, sebelum kemudian digantikan oleh Drs. H. Fadhil Hazimat.
Bapak Drs. H. Fadhil Hazimat memimpin SMAN 2 Pontianak berlangsung cukup singkat yaitu hanya 1 tahun 20 hari. Setelah itu sesuai dengan serah terima Kepala Sekolah, Kepala SMAN 2 Pontianak Drs. H. Fadhil Hazimat pada tanggal 21 April 2004 mutasi ke SMAN 1 Pontianak. Dan Kepala SMAN 2 Pontianak mutasi dari Kepala SMA Negeri 5 Pontianak yaitu dibawah pimpinan Drs. Suhra Wardi hingga 6 Januari 2006, kemudian diganti dengan Plt. Kepala SMA Negeri 2 Pontianak yang dijabat oleh Bapak Agus Pramono, S.Pd. Kemudian Kepala Sekolah secara Devinitif saat ini adalah Bapak Drs. Bunyamin yang bertugas di SMA Negeri 2 Pontianak mulai 1 April 2006 hingga sekarang, dia adalah mantan Kepala SMA Negeri 6 Saigon Pontianak Timur.
