Miss Indonesia 2016 adalah kontes Miss Indonesia yang ke-12. Acara ini diselenggarakan di Studio 14 RCTI, Kebon Jeruk, Jakarta pada hari Rabu, 24 Februari 2016. Acara ini dihadiri oleh Miss World 2015, Mireia Lalaguna dari Spanyol. Tahun ini untuk pertama kalinya Miss Indonesia diselenggarakan di Studio RCTI bila pada tahun-tahun sebelumnya diselenggarakan di luar studio.
Perwakilan Aceh, Flavia Celly Jatmiko mendapat protes dari tokoh adat dan masyarakat Aceh dikarenakan Flavia sama sekali bukan orang Aceh. Sejak kecil, Flavia tinggal di Surabaya, tidak memiliki darah Aceh, dan tidak menjalankan syariat seperti yang berlaku di Aceh. Atas kejadian ini, panitia Miss Indonesia mengajukan permohonan maaf secara tertulis kepada tokoh masyarakat Aceh.
Pada babak 5 besar, pembawa acara Robby Purba menyapa perwakilan Lampung, Kidung Paramadita, dengan bahasa daerah Lampung. Namun Kidung hanya terdiam. Belakangan, dalam sebuah podcast di YouTube, Kidung mengakui bahwa ia mewakili Lampung hanya sebagai bentuk representasi, sementara ia sendiri berasal dari Jawa Tengah dan tidak memiliki darah Lampung.
