Biografi
Imamat
Burke ditahbiskan menjadi imam untuk Keuskupan Agung Chicago oleh Kardinal Costantino Patrizi Naro di Roma pada 22 Mei 1875.[4] Saat kembali ke Chicago, Burke ditugaskan untuk menjabat sebagai kurator di Paroki Santa Maria di kota tersebut.[1] Setelah tiga tahun, ia diangkat menjadi pastor Gereja Santa Maria di Joliet, Illinois.[1][3]
Uskup Cheyenne
Pada 9 Agustus 1887, Burke diangkat menjadi uskup pertama dari Keuskupan Cheyenne yang baru oleh Paus Leo XIII.[4] Burke menerima penahbisan episkopal pada 28 Oktober 1887, dari Uskup Agung Patrick Feehan, dengan Uskup William McCloskey dan Henry Cosgrove bertugas sebagai ko-konsekrator, di Katedral Nama Kudus, Chicago.[4]
Pada 1889, keuskupan tersebut memiliki lima imam dan 5.000 anggota paroki yang tersebar di wilayah yang luas.[3] Selain itu, ia menghadapi serangan dari American Protective Association, sebuah kelompok kebencian anti-Katolik dan anti-Irlandia. Gangguan tersebut memaksa Kesusteran Karitas meninggalkan lembaga mereka di keuskupan tersebut. Burke datang ke Roma untuk menyerahkan petisi kepada Vatikan untuk mendirikan satu paroki lagi, dengan alasan kondisi di Wyoming. Paus menolak permintaannya.[5][6] Dalam surat kepada Bunda Katherine Drexel, Burke menyebut dirinya sebagai "uskup hanya dalam nama" tanpa anggota paroki atau imam.[7] Pada 1893, Paus Leo XIII memasukkan Keuskupan Cheyenne ke provinsi gerejawi Dubuque, dan memindahkan Burke ke keuskupan lainnya.
Uskup Saint Joseph
Paus Leo XIII mengangkat Burke menjadi uskup Saint Joseph pada 19 Juni 1893.[4] Pada masa jabatannya di Saint Joseph, ia mencairkan utang besar yang didapatkan dari pembangunan katedralnya, membangun kediaman episkopal dan sekolah untuk paroki katedral, dan membuka misi dan paroki baru.[8] Burke dianggap menjadi otoritas penulis Italia Dante Alighieri dan menjabat sebagai presiden American Dante Society.[9]