Desa Masnauli merupakan desa multietnis dengan dua suku mayoritas, yaitu Batak dan Jawa, yang memiliki persentase hampir seimbang. Di antara masyarakat suku Batak, etnis Batak Toba merupakan yang paling dominan, diikuti oleh etnis Pakpak-Dairi serta etnis Batak lainnya. Penduduk Desa Masnauli yang berasal dari suku Jawa merupakan hasil program transmigrasipemerintah Indonesia. Para transmigran tersebut umumnya berasal dari Provinsi Jawa Tengah, khususnya dari Kabupaten Cilacap dan Banyumas, serta dari Provinsi Jawa Timur, yaitu Kabupaten Kediri dan Kabupaten Kabupaten Malang.
Agama
Mayoritas penduduk Desa Masnauli memeluk agama Islam.