Dia merupakan seorang Commandeur de l'Ordre National du Lion, penghargaan nasional tertinggi di Senegal. Dia juga anggota Komisi Kepausan Ilmu Sejarah dan Komisi Kepausan Hubungan Agama dengan Muslim.[2][3] Pada tahun 2018, sebuah lembaga baru didirikan atas namanya, Institut Sanneh di Universitas Ghana.[4] Pusat Studi Pelayanan Luar Negeri (OMSC) di Seminari Teologi Princeton membuat hibah penelitian yang dinamai untuk menghormati Sanneh.[5]
Sanneh menderita strok dan meninggal pada tanggal 6 Januari 2019.[1][6] Ia meninggalkan istrinya, Sandra Sanneh, seorang profesor isiZulu di Universitas Yale, dan anak-anak mereka Sia Sanneh, seorang pengacara senior di Equal Justice Initiative, dan Kelefa Sanneh, penulis staf untuk The New Yorker.[7]