Pada Januari 2020, Joko Susilo diperkenalkan Persik sebagai pelatih.[1] Di musim pertamanya, Liga 1 2020, Joko Susilo mendapatkan 2 kali seri dan 1 kali kekalahan, sebelum musim tersebut diberhentikan karena pandemi Covid-19. Di musim keduanya, Liga 1 2021-2022, Joko Susilo dipecat dari Persik setelah menjalani 5 kali pertandingan, dengan raihan 4 poin (1 menang, 1 imbang, dan 3 kalah). Dia adalah pelatih pertama yang dipecat di musim tersebut.[2]
Pada Oktober 2021, Joko Susilo bergabung dengan PSG Pati yang berlaga di Liga 2.[3]
Pada Juli 2022, Joko Susilo di tunjuk menjadi pelatih kepala PSKC Cimahi.[4]
Pada 10 Maret 2025, Joko Susilo di tunjuk menjadi pelatih kepala untuk tim Persinga Ngawi.[5]
Gelar
Juara Galatama XII 1992/93
Juara Liga Super Indonesia 2009/2010 bersama Arema Indonesia (sebagai asisten pelatih)
