Bangunan Induk
Bangunan Induk yang mirip dengan gunung tadi merupakan bagian sakral atau kudus di mana terdapat altar dan sakramen mahakudus, Bejana Baptis, sakristi dan tempat pengakuan dosa. Bagian ini dulu dikhususkan untuk mereka yang sudah dibaptis, yang telah menjadi anggota umat. Pada masa dulu di dalam gereja memang dipisahkan antara mereka yang masih calon baptis dengan mereka yang sudah dibaptis, tetapi perbedaan itu sekarang sudah dihapuskan. Setiap orang, bahkan mereka yang bukan Katolik pun, kalau ia mau, dapat masuk ke dalam bagian ini, asalkan dia tidak mengganggu kekhidmatan ibadat. Memang dalam budaya Jawa, gunung atau gunungan adalah lambang tempat yang suci di mana manusia bisa bertemu dengan penciptanya.
Bangunan Induk memiliki atap berbentuk seperti cupola atau kubah. Diatas atap dipasang salib, pada ujung atap dipasang gambar simbolis keempat pengarang injil yakni Santo Matius Penginjil (manusia hersayap), Santo Markus Penginjil (singa yang bersayap), Santo Yohanes Penginjil (burung rajawali) dan Santo Lukas Penginjil (lembu jantan), yang juga menunjukkan keempat arah mata angin. Atap bangunan yang berbentuk gunungan itu dibentuk dari empat lengkungan kayu yang ujung simpangnya merupakan bagian pengunci. Lengkungan itu menyangga suatu jaringan kawat galvanis, yang di atasnya dipasang genteng-genteng, yang akan bereaksi dengan tenang dan memamtul pada setiap tekanan angin.
Altar yang ada dalam gereja ini menarik dan punya bentuk yang khas, dibuat dari batu massif, kemudian dipahat. Pahatan di altar tersebut terdapat gambar seekor rusa yang sedang minum air, sedangkan rusa yang lain sedang menunggu minum air. Rusa yang sedang minum air menggambarkan mereka yang telah dibaptis, sedangkan rusa yang menunggu untuk minum air menggambarkan calon baptis atau para katekumen. Air yang mengalir dari 7 sumber melambangkan 7 sakramen dalam gereja. Sesuai dengan tata cara liturgi pada waktu itu, yaitu sebelum Konsili Vatikan II tahun 1965, maka bila seorang imam mempersembahkan misa di altar, dia membelakangi umat, tidak menghadap ke arah umat seperti yang lain dalam tata cara misa saat sekarang.
Di atas altar terdapat relief dari batubata merah yang disusun tanpa semen, tetapi menggunakan campuran air, kapur dan gula. Kemudian batu-batu bata digosok dan direkatkan pada batu bata lainnya dengan campuran tadi sehingga saling menggigit dengan baik walaupun tidak menggunakan adukan semen seperti zaman sekarang ini.
Di atas altar terdapat tabernakel dari kuningan, tempat untuk menyimpan Hosti. Di sebelah kiri-kanan tabernakel suci terlihat gambar keempat penginjil. Persis di atas altar terlihat gambar kain dengan gambar Yesus. Di atasnya ada gambar Hati Kudus Yesus yang tertusuk tombak, kemudian tulisan INRI.
Disampingnya terlihat gambar para malaekat. Sebenarnya di bagian atas terdapat mahkota, yang sekarang sudah rusak/hilang. Relief yang dibuat dari batu bata merah atau batu bata, mirip dengan relief yang biasa ada pada candi-candi zaman Majapahit.
Pada sisi sebelah Barat (atau kiri altar) terdapat relief perjamuan pesta perkawinan di Kana yang dihadiri oleh Yesus, para rasul dan Bunda Maria (Yoh 2: 1-11). Di bagian Barat di atas pintu sakristi terdapat gambar Abraham yang akan mengorbankan Iskak anaknya (Kej. 22: 1-19). Kemudian terdapat patung Maria dari batu yang menggambarkan Bunda Maria sedang menggendong kanak-kanak Yesus. Patung itu terletak dalam lekukan yang menggambarkan litani Maria. Kemudian di sana juga terlihat bejana baptis dari kerang yang besar, di atasnya kelihatan relief yang menggambarkan ketika Yesus dibaptis di sungai Yordan (Mat 3:13-17). Kemudian di bagian paling atas terdapat relief yang menggambarkan perahu Nuh dan seekor merpati terbang membawa daun yang hijau, setelah air bah surut (Kej. 8:11).
Di sebelah Timur altar (atau kanan altar) terdapat relief Yesus yang sedang menggandakan roti untuk 5000 orang (Mrk 6,30-44). Kemudian di atas pintu masuk sakristi terdapat relief Imam Agung Melkisedek sedang mempersembahkan roti dan anggur kepada Allah (1ih. Kej. 16:1820). Di sebelah Timur ada patung Yesus terbuat dari batu. Lengkungan di mana terdapat patung Yesus itu dihiasi dengan relief yang menggambarkan sebutan-sebutan untuk Yesus dalam litani Hati Kudus Yesus.
Maksud adanya relief di altar dan sekeliling altar adalah untuk memberikan hiasan pada altar dan sebagai sarana untuk katekese atau untuk mengajar umat yang sederhana. Relief semacam ini biasa terdapat dalam katedral katedral dan gereja-gereja kuno di Eropa, dimana terdapat relief, patung-patung dan mosaik dari kaca yang indah sekali. Karena orang pada waktu itu duduk bersila di lantai ketika mengikuti misa, maka relief dibuat rendah supaya mudah dilihat. Sekarang pun kalau misa orang juga masih duduk bersila atau "lesehan" (bahasa Jawa).
Bangunan Gereja secara unik dikelilingi oleh benteng yang terbuat dari batu-batu dan tampak kokoh. Yang lebih menarik lagi adalah memperhatikan bentuk pintu gerbang atau pintu masuk. Terdapat tiga pintu: pintu utama dengan model bangunan megah terletak di samping; pintu yang terletak di depan pendopo yang langsung berhadapan dengan makam (umat Katolik); dan pintu samping yang terlihat sempit dan kecil. Konsep benteng batu yang kokoh, pintu utama yang megah, pintu sempit, pintu yang berhadapan dengan makam berasal dari kreativitas Romo pendirinya, Romo Jan Wolters CM.
Romo Wolters CM berpendapat bahwa Gereja adalah "Rumah Tuhan" (Keraton Dalem), di situ bertahta Yesus Kristus, sang Raja segala raja. Tetapi, Yesus Kristus adalah Raja yang menyambut umatNya secara personal, pribadi. Ia adalah Raja yang tidak sulit dijumpai. Ia adalah Raja yang menyambut siapa pun yang datang kepada-Nya. Ia adalah Raja yang disembah dalam relasi kemesraan dan keakraban. Pintu yang megah melambangkan gerbang Rumah Tuhan yang harus megah, menyongsong umat Allah yang datang untuk "sowan" dan menyembah Rajanya. Pintu yang sempit mengatakan seperti dalam Injil bahwa untuk masuk ke Kerajaan Allah, orang harus melewati pintu yang sempit. Untuk dekat dan berelasi dengan Tuhan, lorong jalannya kerap sulit, sempit. Pintu yang berhadapan dengan makam mengukir sebuah kebenaran iman, bahwa terhadap umat Tuhan yang telah wafat berpulang ke keabadian, mereka semua disambut oleh Kristus Sang Raja dalam Rumah Abadi di Surga.[3] Jadi, Gereja Pohsarang itu indah bukan hanya karena bentuknya, melainkan juga karena ada katekese iman yang melekat erat pada bangunan tersebut. Dan, katekesenya amat kaya serta mendalam.
Ruang Gamelan dan Patung Kristus Raja
Di halaman luar, sebelum masuk gereja, terletak di sebelah kanan terdapat rumah untuk menyimpan gamelan. Gamelan itu dulu kala digunakan untuk mengiringi misa dan sendratari yang sering diadakan pada awal berdirinya gereja.
Di halaman gereja terdapat Patung Kristus Raja. Di atasnya terdapat tiang batu di mana terdapat Perahu Nabi Nuh. Dalam Tradisi para Bapa Gereja, bahtera (perahu) Nabi Nuh adalah lambang Gereja. Mengapa ada patung Kristus Raja? Kristus adalah Kepala Gereja. Gereja adalah Tubuh Mistik Kristus. Patung Kristus Raja terbuat dari batu melukiskan keindahan dan kekokohan. Kristus lantas juga seolah-olah tampil kokoh sebagai yang "menakhodai" bahtera-Nya. Kristuslah yang memimpin dan membimbing Gereja-Nya, persekutuan umat beriman yang dipersatukan dalam iman kepada-Nya.
Di halaman yang sekarang dipakai untuk taman, dulu kala terdapat sebuah bangunan indah yang disebut "Amphitheater", sebuah lapangan menyerupai tempat untuk pementasan drama seperti pada zaman Yunani kuno, dimana pentasnya ada di tempat yang lebih rendah dari penontonnya. Pada tanggal 7 Agustus, tahun 1937-an (?), terdapat pementasan kisah Abraham yang dijalankan di "Aphitheater" tersebut sebagai sebuah drama katekese kisah Kitab Suci sekaligus untuk menyambut tamu-tamu agung, yaitu Yang Mulia Mgr. Pacino, Delegat Apostolik untuk Australia, sekretarisnya, Mgr. King; Vikaris Apsotolik untuk Indonesia Timor Mgr. Pelsers, dan Prefek Apostolik Surabaya Mgr. Verhoeks. Peristiwa ini menandai perhelatan penting dari sebuah desa Pohsarang dengan sebuah bangunan "Gereja Keraton Jawa"-nya. Sejak itu, Pohsarang menjadi emblem inkulturasi yang mencengangkan, tulis Romo van Megen CM.[6]
Kini, bangunan "Amphitheater" sudah tidak ada lagi. Bangunan ini telah diganti dengan sebuah tempat yang dulu adalah sekolah dasar. Sekolah dasarnya sendiri telah dipindahkan ke tempat lain di dekat gereja. Di tempat itu sekarang didirikan patung Bunda Maria dari Lourdes yang memakai mahkota.