Katolik dimulai di negara itu pada abad keenam belas dengan invasi Pedro de Alvarado. San Salvador dijadikan keuskupan agung pada tanggal 11 Februari 1913 dengan Monsinyur Antonio Adolfo Perez sebagai Uskup Agung pertama. Sebelum tanggal itu berada di bawah yurisdiksi Guatemala. Uskup Agung Luis Chávez y González dari tahun 1939 hingga 1977 mendorong para imam untuk mempelajari koperasi pertanian dan melakukan upaya untuk meningkatkan sektor termiskin di El Salvador[1] (meskipun dalam hal lain dia adalah seorang konservatif yang menyukai sensor film,[2] sangat menentang Komunisme,[3] dan dikhususkan untuk Paus Pius XII).
Meskipun demikian, sebagian besar gereja di El Salvador lebih konservatif daripada ini[5] dan tidak bersimpati kepada para pemberontak selama perang saudara. Fernando Sáenz Lacalle, aslinya dari Opus Dei, saat ini adalah Uskup Agung San Salvador. Dia pada umumnya adalah lawan dari Teologi Pembebasan dan pengangkatannya pada tahun 1995 dipandang rendah oleh para pengikut aliran pemikiran tersebut.[6] Dia telah aktif dalam pekerjaan amal untuk korban gempa[7] dan terang-terangan menentang kekerasan.[8]
Kardinal pertama dan satu-satunya di El Salvador, Gregorio Rosa Chavez (yang berusia di bawah 80 tahun dan oleh karena itu masih berpotensi menjadi kardinal-pemilih seandainya diadakan konklaf), yang - tidak seperti kasus biasa bagi para Kardinal yang bertugas di keuskupan atau keuskupan agung - Pembantu Uskup Agung Uskup Agung San Salvador Jose Luis Escobar Alas, diangkat oleh Paus Fransiskus.