Sejak penerimaan bulat atas Persatuan Uzhhorod di wilayah yang mencakup Slowakia bagian timur pada tahun 1646, sejarah Gereja Katolik Yunani Slowakia terkait dengan sejarah Gereja Katolik Bizantin Rutenia selama beberapa abad. Pada akhir Perang Dunia I, sebagian besar orang Ruthena dan Slowakia Katolik Yunani termasuk dalam wilayah Cekoslowakia, termasuk dua eparki, Prešov dan Mukačevo. Eparki Prešov, yang dibentuk pada tanggal 22 September 1818, dicabut pada tahun 1937 dari yurisdiksi primata Hongaria dan tunduk langsung kepada Tahta Suci, sementara 21 paroki di eparki Prešov yang berada di Hongaria dibentuk menjadi eksarkat baru Miskolc.
Setelah Perang Dunia II, eparki Mukačevo di Transcarpathia dianeksasi oleh Uni Soviet, sehingga eparki Prešov mencakup semua umat Katolik Yunani yang tetap tinggal di Cekoslowakia. Setelah komunis merebut negara itu pada bulan April 1950, sebuah "sinode" diadakan di Prešov, di mana lima pastor dan sejumlah orang awam menandatangani dokumen yang menyatakan bahwa persatuan dengan Roma dibubarkan dan meminta untuk diterima ke dalam yurisdiksi. dari Patriarkat Moskow, kemudian menjadi Gereja Ortodoks Cekoslowakia. Uskup Katolik Yunani Beato Pavel Petro Gojdič dari Prešov bersama pembantunya, Beato Basil Hopko, dipenjarakan dan uskup Gojdič meninggal di penjara pada tahun 1960.
Selama Musim Semi Praha tahun 1968, bekas paroki Katolik Yunani diizinkan untuk memulihkan persekutuan dengan Roma.[4] Dari 292 paroki yang terlibat, 205 memberikan suara setuju. Ini adalah salah satu dari sedikit reformasi Dubček yang selamat dari invasi Soviet pada tahun yang sama. Namun, sebagian besar bangunan gereja mereka tetap berada di tangan Gereja Ortodoks.
Setelah komunisme digulingkan pada tahun 1989 Revolusi Beludru, properti Gereja secara bertahap dikembalikan ke Gereja Katolik Yunani Slowakia. Proses ini hampir selesai pada tahun 1993, tahun setelah pembubaran Cekoslowakia menjadi Ceko dan Slowakia. Untuk umat Katolik Yunani di Ceko, sebuah Vikariat Apostolik terpisah dibentuk, yang diangkat pada tahun 1996 menjadi eksarkat sehingga membentuk Eksarkat Apostolik di Ceko (sekarang dianggap sebagai bagian dari Gereja Katolik Ruthenia); tahun 2007 "Annuario Pontificio" menunjukkan bahwa pada saat itu telah berkembang menjadi 177.704 umat, 37 imam dan 25 paroki.
Di Slowakia sendiri, Paus Yohanes Paulus II mendirikan sebuah Eksarkat Apostolik dari Košice pada tahun 1997. Paus Benediktus XVI menaikkan ini ke tingkat Eparki pada tanggal 30 Januari 2008 dan pada saat yang sama mendirikan ritus Bizantium baru Eparki Bratislava. Dia juga mengangkat Prešov ke tingkat tahta metropolitan, yang membentuk Gereja Katolik Yunani Slowakia sebagai Gereja metropolitan "sui iuris".
↑"Archived copy"(PDF). Diarsipkan dari asli(PDF) tanggal 2016-10-20. Diakses tanggal 2017-03-24. Pemeliharaan CS1: Salinan terarsip sebagai judul (link)
↑"Gereja Ortodoks Cekoslowakia" (dalam bahasa Indonesia). `Encyclopedia Britannica. Diarsipkan dari asli tanggal 2020-05-31. Diakses tanggal 25 September 2022.Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)
