Sedikitnya 9 orang tewas dan 1.000 orang luka-luka akibat gempa awal ini.[12] Sementara, sekitar 40.000 orang di wilayah terdampak gempa pun dievakuasi ke tempat yang aman.[13]
Gempa utama 16 April
Dampak longsor di MinamiasoKerusakan di Kastil KumamotoRumah yang rusak parah di KumamotoBandara Kumamoto rusak parah
Dua hari setelahnya, gempa berkekuatan 7.0 skala Richter mengguncang Kumamoto untuk kedua kalinya pada pukul 1:25 waktu setempat (15 April 16:25UTC). Pusat gempa berada di wilayah Kota Kumamoto.[1] Guncangan gempa terasa hingga di Beppu, Prefektur Ōita[14] dan di Busan, Korea Selatan.[15] Pada pukul 1:27 waktu setempat, peringatan bahaya tsunami diberlakukan untuk wilayah di sepanjang pesisir Laut Ariyake dan Laut Yatsushiro.[13] Dua jam setelahnya peringatan tsunami dicabut.[16]
Pascagempa, kerusakan terjadi di beberapa wilayah di Kumamoto. 91.700 warga dievakuasi dari wilayah gempa.[17] Sementara, dilaporkan 32 orang tewas dan lebih dari 2.000 orang luka-luka akibat gempa kedua ini.[18]
Kerusakan infrastruktur dilaporkan terjadi di seluruh wilayah Kyushu; di antaranya banyak rumah di Kumamoto yang ambruk;[12] matinya jaringan air di Kumamoto;[19] ambruknya bendungan di Nishihara, Kumamoto yang mengharuskan warga setempat dievakuasi;[19] dan berhentinya jaringan kereta cepat Kyushu Shinkansen akibat kereta yang anjlok pascagempa.[20]
1234平成28年4月14日21時26分頃の熊本県熊本地方の地震について[About the earthquake in the Kumamoto area of Kumamoto Prefecture, around 21:26, April 14, 2016]. Japan Meteorological Agency (dalam bahasa japanese). 2016-04-14. Diarsipkan dari asli tanggal 2016-04-17. Diakses tanggal 2016-04-15. Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)
↑=緊急地震速報の内容[The contents of the Earthquake Early Warning]. Japan Meteorological Agency (dalam bahasa japanese). 2016-04-14. Diarsipkan dari asli tanggal 2016-04-18. Diakses tanggal 2016-04-15. Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)
↑CNN, Junko Ogura, Madison Park and Yoko Wakatsuki. "Japan earthquakes: 'It's swaying every hour'". CNN. Diarsipkan dari asli tanggal 2023-04-02. Diakses tanggal 2016-04-17. ; Pemeliharaan CS1: Banyak nama: authors list (link)
↑地震情報(各地の震度に関する情報)[Earthquake Information: Information on the Seismic Activity in Affected Areas] (dalam bahasa Japanese). Japan Meteorological Agency. 2016-04-14. Diarsipkan dari asli tanggal 2016-04-14. Diakses tanggal 2016-04-15.Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)