Ia menggantikan César Franck sebagai organis di Basilika Sainte-Clotilde di Paris dari tahun 1890 hingga 1898. Ia sendiri digantikan oleh murid Franck yang terkenal, Charles Tournemire. Terkait selama bertahun-tahun dengan seri konser Édouard Colonne, Concerts Colonne, dari tahun 1903, Pierné menjadi kepala konduktor dari seri ini pada tahun 1910.
Penampilan awalnya yang paling menonjol adalah pertunjukan perdana dunia balet Igor StravinskyThe Firebird, di Ballets Russes, Paris, pada tanggal 25 Juni 1910. Dia tetap di pos sampai 1933 (ketika Paul Paray mengambil alih tugasnya).
Dia membuat beberapa rekaman elektrik untuk Odeon Records, dari tahun 1928 sampai 1934, memimpin L'Orchestre Colonne, termasuk penampilan tahun 1929 dari Ramuntcho dan pertunjukan tahun 1931 kutipan dari baletnya Cydalise et le Chevre-pied.
