Cyrellus Simanjuntak dilahirkan pada tahun 1895 di daerah yang sekarang bernama desa Sigumpar Julu, kecamatan Sigumpar, kabupaten Toba, provinsi Sumatera Utara. Ayahnya bernama Raja Usia Simanjuntak, sedangkan ibunya adalah boru Pangaribuan. Cyrellus memiliki 4 saudara, 1 saudara laki-laki dan 3 saudara perempuan.
Awalnya, Cyrellus diberi nama Matio Simanjuntak. Nama ini kelak diubah pada tahun 1911 saat Cyrellus dan seluruh anggota keluarganya dibaptis bersama.