CONEFO dirancang sebagai "Nasakom Internasional," yaitu internasionalisasi kebijakan front persatuan Soekarno di dalam negeri yang menyeimbangkan kekuatan nasionalis, agama, dan komunis.[3]Surachman, Sekretaris Jenderal PNI, menguraikan tujuan akhir CONEFO: "Mengenai usulan CONEFO dari Bung Karno, keberhasilannya akan berarti runtuhnya Perserikatan Bangsa-Bangsa, dan pembentukan Perserikatan Bangsa-Bangsa baru yang terbebas dari imperialisme dan bonekanya."[3] Pemimpin PKI, D. N. Aidit, mempromosikan CONEFO di Rumania dan Uni Soviet.[3]
CONEFO secara resmi didirikan pada tanggal 7 Januari 1965, setelah pemerintahan Soekarno menolak Malaysia menjadi anggota tidak tetap Dewan Keamanan PBB, pada saat terjadi konfrontasi tingkat rendah antara Indonesia–Malaysia antara kedua negara. Soekarno yang marah mengeluarkan Indonesia dari PBB (satu-satunya negara yang melakukan hal tersebut) dan membentuk organisasi dunia tandingan, setelah sebelumnya mengambil langkah serupa saat menciptakan Games of the New Emerging Forces (GANEFO) sebagai alternatif dari Olimpiade pada tahun 1963.[4] Indonesia membangun kompleks gedung baru di Jakarta untuk menjadi tuan rumah CONEFO dengan bantuan keuangan dari Republik Rakyat Tiongkok.[5]
Negara-negara Barat khawatir akan ancaman CONEFO. Para diplomat AS khawatir bahwa "PBB alternatif adalah tujuan akhir [Soekarno]" dan berpendapat: "Meski skema ini mungkin tampak fantastis dan berlebihan dari sudut pandang orang Barat, hal ini mencerminkan keseriusan yang mendalam dan tekad yang tak kenal lelah dari Soekarno . . . dalam perang pribadinya melawan imperialisme."[3] Robert J. Martens, mantan diplomat Amerika di Jakarta, merangkum CONEFO beberapa dekade kemudian: "Untuk pertama kalinya akan diadakan konferensi internasional besar Kekuatan-Kekuatan Baru yang Sedang Berkembang, dan fasilitas akan dibangun di Jakarta untuk tujuan ini... PBB saingan semacam ini akan dibentuk, berdasarkan komunis Asia Timur dan sekutu-sekutu mereka. Akan ada kelompok-kelompok lain di dalamnya — semacam versi internasional dari taktik front nasional. Di tingkat yang lebih rendah daripada inti komunis, Anda bisa memasukkan semua negara Dunia Ketiga..." Ketakutan terhadap CONEFO tetap menjadi faktor yang terabaikan dalam menjelaskan dukungan AS terhadap penggantian rezim di Indonesia.[3]
CONEFO tidak pernah bersidang sebelum dibubarkan pada tanggal 11 Agustus 1966 oleh Jenderal Soeharto setelah menggulingkan Soekarno dari kekuasaan. Indonesia bergabung kembali dengan Perserikatan Bangsa-Bangsa dan kompleks CONEFO, yang sekarang disebut gedung MPR/DPR/DPD, menjadi tempat kedudukan Majelis Permusyawaratan Rakyat.[4]