Berdasarkan kebijakan apartheid Afrika Selatan, beberapa wilayah dialokasikan untuk orang-orang kulit hitam. Ciskei dijadikan salah satu dari dua bantustan untuk orang-orang kulit hitam yang menuturkan bahasa Xhosa. Orang-orang Ngqika (Rharhabe) Xhosa dimukimkan di Ciskei, sementara Gcaleka Xhosa dimukimkan di Transkei, bantustan Xhosa lainnya.
Ibu kota Ciskei beberapa kali berpindah. Pada awalnya, Zwelitsha dijadikan ibu kota dengan harapan bahwa kota Alice suatu saat akan dijadikan ibu kota nasional untuk jangka panjang. Namun, pada akhirnya Bisho (kini dieja Bhisho) yang menjadi ibu kota hingga Ciskei kembali menjadi bagian dari Afrika Selatan.
