Babak kualifikasi Liga Champions UEFA 1998–1999 terdiri dari dua babak kualifikasi, musim ke 44 kompetisi sepak bola klub Eropa dan yang ketujuh sejak diubah namanya menjadi Liga Champions UEFA. Penyisihan tersebut menentukan 16 tim mana yang akan bergabung dalam delapan kualifikasi otomatis di babak grup. 32 tim mengikuti babak kualifikasi pertama, dengan 16 tim selanjutnya mendapat bye ke babak kualifikasi kedua. Di antara tim-tim yang lolos ke babak kualifikasi pertama adalah tim Ukraina Dynamo Kyiv, yang kemudian mencapai semifinal kompetisi tersebut, sementara kedua finalis – Manchester United dari Inggris dan Bayern Munich dari Jerman – memasuki kompetisi di babak kualifikasi kedua, setelah finis sebagai runner-up di liga domestik mereka pada musim sebelumnya.
Babak kualifikasi pertama
Penempatan
32 juara dari asosiasi peringkat 16-48 (kecuali Liechtenstein) memulai babak kualifikasi pertama. Juara negara peringkat 16–31 diunggulkan, sedangkan juara negara peringkat 32 ke bawah tidak diunggulkan.[1] Pengundian dilakukan pada tanggal 6 Juli 1998 di Jenewa, Swiss.
16 klub (juara negara peringkat 8–15 dan runner-up negara peringkat 1–8) memulai babak ini dan menjadi unggulan. 16 pemenang babak kualifikasi pertama tidak diunggulkan.[2] Tim yang kalah pada babak kualifikasi kedua lolos ke babak pertama Piala UEFA 1998–1999. Pengundian dilakukan pada tanggal 6 Juli 1998 di Jenewa, Swiss, segera setelah pengundian babak kualifikasi pertama.
