Permainan ini berlatarkan alam semesta pasca-apokaliptik yang dikenal sebagai New Eridu. Entitas yang dikenal sebagai Ethereal telah melakukan perjalanan dari portal yang dikenal sebagai Hollows. Ethereal telah mendatangkan malapetaka pada sebagian besar umat manusia, memusnahkan sebagian besar dari mereka. Namun, sekelompok penyintas terpilih telah membentuk benteng untuk melawan, setelah selamat dari serangan gencar dengan mengekstraksi teknologi dan sumber daya dari Ethereal.[7][8]
Cerita
Pemain mengambil peran sebagai "Proxy", Belle atau Wise (tergantung pilihan pemain), satu setengah dari duo saudara kandung yang secara kolektif dikenal sebagai legendaris "Phaethon". Mereka mengelola sebuah toko penyewaan video bernama "Random Play" sebagai kedok untuk kegiatan penyamaran mereka sebagai Proxies; para individu yang membantu Agen Penyerbu Hollow dalam menavigasi lanskap Hollow yang berbahaya dan selalu berubah. Untuk tujuan ini, Phaethon menggunakan Sistem Hollow Deep Dive, atau HDD, yang memungkinkan mereka memproyeksikan kesadaran mereka secara real-time ke dalam robot kecil mirip kelinci yang disebut Bangboo, berbeda dengan sistem observasi Hollow yang tersedia untuk umum lainnya yang memiliki penundaan waktu yang signifikan pada informasi yang dikirim ke dan dari Hollow. Dikarenakan sebagai seorang Proxy ilegal tanpa perizinan dari Public Security New Eridu, saudara kandung tersebut menggunakan Random Play sebagai kedok yang sah saat mereka menjalankan tugas di berbagai Hollow baik di dalam maupun di luar New Eridu, meskipun karier Proxy mereka bersifat sekunder dibandingkan investigasi mereka terhadap "Hollow Zero", Hollow tertua dan terbesar yang terletak di situs kota Eridu lama yang hancur dalam bencana Hollow besar sekitar 15 tahun sebelum peristiwa permainan.
Musim 1
Wise dan Belle adalah dua bersaudara yang beroperasi sebagai Proxy dengan nama samaran "Phaethon". Selama sebuah misi, sebuah kecerdasan buatan yang sangat kuat bernama "Fairy" memasang dirinya ke dalam sistem Hollow Deep Dive (HDD) milik Phaethon ketika mereka pingsan saat mencoba memaksa keluar seorang peretas eksternal. Dengan Fairy, kemampuan Proxy Phaethon meningkat pesat, memungkinkan mereka untuk membantu berbagai faksi, termasuk Cunning Hares, Belobog Heavy Industries, dan New Eridu Public Security (NEPS).
Selama mereka menginvestigasi, mereka mengungkap dan menghentikan konspirasi yang dipimpin oleh Inspektur NEPS Justin Bringer dan Sarah, anggota Exaltist, yang tujuannya adalah untuk "memurnikan" umat manusia dengan merangkul Bencana Hollow. Selama perjalanan, Phaethon membangun aliansi dengan Section 6, sebuah unit operasional khusus, dan Sons of Calydon, sebuah geng motor di pinggiran New Eridu. Mereka juga mengungkapkan diri sebagai anak angkat Carole Arna, seorang ilmuwan yang dituduh atas jatuhnya Eridu Lama. Phaethon, yang percaya bahwa Carole Arna tidak bersalah, sedang berupaya membersihkan namanya dengan mencoba menemukan pelaku sebenarnya.
Dalam sebuah misi yang diminta oleh Walikota New Eridu, Phaethon menyelidiki Sacrifice, jenis Ethereal khusus yang hanya dapat dibuat melalui manipulasi manusia. Dengan bantuan kelompok pencuri bayangan Mockingbird, Phaethon mengungkap konspirasi yang melibatkan manipulasi manusia dan Sacrifice. Selama pertempuran, Phaethon tanpa sadar menggunakan kekuatan misterius untuk menyelamatkan Vivian Banshee, anggota Mockingbird, agar tidak berubah menjadi Ethereal. Setelah kejadian itu, Walikota mengirim Phaethon ke Waifei Peninsula bersama Yixuan, Ketua Tinggi Yunkui Summit, untuk penyelidikan lebih lanjut.
Musim 2
Sampai di Waifei Peninsula, Phaethon dan Yixuan mengetahui bahwa para penambang telah dirusak oleh obat penangkal Ether yang cacat, dan Porcelumex, sebuah perusahaan yang menambang Porcelume, menunda pemberian kompensasi. Investigasi mengungkap bahwa Dr. Lohr, seorang kolaborator Exaltist rahasia, mendukung tindakan serikat pekerja dan bahwa Pengawas Mevorakh mengumpulkan Miasma, bentuk Ether yang terkonsentrasi, dan memikat para penambang ke Lembah Lemnian. Yixuan mengalahkan Mevorakh, dan Porcelumex memberikan kompensasi kepada para penambang yang diselamatkan. Kemudian, Phaethon menghadiri konferensi Porcelumex dan mengungkap konspirasi terpisah yang melibatkan wakil CEO Porcelumex, Ferox. Dengan bantuan Ukinami Yuzuha dan Alice Thymefield dari Spook Shack, mereka mengungkap Ferox sebagai pembantu Exaltist, yang menyebabkan penangkapannya.
Kemudian, Wali Kota mengutus Phaethon untuk memantau Jenderal Lorenz dari Pasukan Pertahanan Eridu Baru dan bawahannya, Isolde. Phaethon bertemu dengan Orphie dari Pasukan Obol, penembak pasukan tersebut, dan Magus, sebuah kesadaran digital yang mendiami ekor Orphie. Baik Magus maupun Isolde adalah mantan anggota "Pasukan Agamemnon", yang musnah selama jatuhnya Eridu Lama saat melindungi kereta pengungsi. Isolde kemudian mengungkapkan bahwa kereta itu sebenarnya penuh dengan aset Porcelumex, dengan Lorenz bersekongkol dengan Ferox. Magus menolak untuk membunuh Lorenz, jadi Isolde membunuhnya sebelum melarikan diri ke Hollow. Isolde mengungkapkan dirinya sebagai Pengawas Mevorakh, dan tewas dalam duel dengan Orphie dan Magus.
Para Proxy bertemu dengan Ye Shunguang, saudari dari anggota Yunkui Summit, Ye Shiyuan, dan pemilik Pedang Qingming, senjata ampuh yang mampu menghancurkan Miasma dengan konsekuensi hilang ingatan saat digunakan. Tanpa sepengetahuan mereka, Ye Shiyuan telah bekerja sama dengan Sarah untuk memanggil Sang Pencipta, sebagai imbalan atas kemampuan Sang Pencipta untuk membebaskan Shunguang dari kutukan Pedang Qingming. Setelah menyadari Sarah memancing Shunguang ke lokasi ritual, Shiyuan berusaha mengganggu ritual pemanggilan, dan dalam prosesnya melukai Sarah hingga hampir meninggal. Sarah menyatu dengan Sang Pencipta, dan Sang Pencipta merasuki Ye Shiyuan. Ye Shunguang kemudian mengalahkan Sang Pencipta dan membebaskan saudara laki-lakinya.