Pertempuran April
Pasukan-pasukan Tentara Mahdi mulai melakukan serangan di Najaf Kufa Kut dan Kota Sadr, merebut kekuasaan terhadap bangunan-bangunan publik dan pos-pos polisi sementara bertempur dengan pasukan-pasukan koalisi. Kaum militan menguasai sebagaian Karbala setelah bertempur di sana. Pasukan-pasukan koalisi lainnya diserang di Nasiriyah dan pasukan-pasukan Inggris juga diserang di Amarah dan Basra. Najaf dan Kufa dengan segera direbut setelah sejumlah pertempuran dengan pasukan Spanyol, dan Kut direbut setelah pertempuran dengan pasukan Ukrainia tak lama kemudian.
Setelah beberapa bentrokan sporadis, pasukan-pasukan Koalisi untuk sementara waktu berhasil menekan kebanyakan aktivitas milisi di Nasiriyah, Amarah, dan Basra. Para pemberontak Mahdi mengusir polisi Irak dari tiga pos polisi dan menyergap pasukan-pasukan AS Kota Sadr, membunuh tujuh pasukan AS dan melukai beberapa orang lai. Pasukan-pasukan AS kemudian menguasai kembali pos-pos polisi itu setelah tembak-menembak dengan sejumlah pejuang yang menyebabkan tewasnya beberapa lusin Milisi Mahdi. Namun, anggota-anggota Tentara Mahdi masih mempertahankan sejumlah pengaruh atas banyak wilayah kumuh di Kota Sadr.
Pada 16 April Kut direbut kembali oleh pasukan-pasukan AS, dan beberapa lusin anggota Tentara Mahdi terbunuh dalam pertempuran itu. Namun, wilayah di sekitar along bersama Karbala tetap berada di bawah kekuasaan pasukan-pasukan Sadr. Sadr sendiri diyakini bersembunyi di Najaf. Pasukan koalisi mengepung sekitar Najaf dengan 2500 pasukan, tetapi mengurangi jumlah pasukan-pasukan untuk melakukan perundingan dengan Tentara Mahdi. Pada awal Mei, pasukan-pasukan koalisi memperkirakan sekitar 200-500 kaum militan masih berada di Karbala, 300-400 di Diwaniyah, sejumlah lagi yang tidak diketahui persis berapa masih tertinggal di Amarah dan Basra, dan 1.000-2.000 masih bersembunyi di wilayah Najaf-Kufa.
Pada 4 Mei pasukan-pasukan koalisi mulai melakukan serangan balasan untuk membasmi Tentara Mahdi di Irak selatan setelah gagalnya perundingan-perundingan. Gelombang pertama dimulai dengan serangan-serangan simultan di Karbala dan Diwaniyah terhadap pasukan-pasukan milisi, yang diikuti dengan gelombang kedua pada 5 Mei di Karbala dan lebih banyak lagi serangan yang merebut kantor gubernur di Najaf pada 6 Mei. Sejumlah 86 milisi diperkirakan terbunuh dalam pertempuran itu bersama-sama dengan 4 tentara AS. Beberapa komandan Milisi yang berpangkat tinggi juga terbunuh dalam sebuah serangan terpisah oleh satuan-satuan Operasi Khusus tentara AS. Pada 8 Mei pasukan-pasukan AS melakiukan sebuah serangan susulan ke Karbala, dengan serangan dua arah ke dalam kota. Tank-tank AS juga melakukan terobosan ke Kota Sadr. Pada saat yang sama, mungkin sebagai taktik pengalihan perhatian, ratusan pemberontak Tentara Mahdi menyapu melalui Basra, menembaki patroli-patroli Inggris dan merebut bagian-bagian kota. Dua orang militan terbunuh dan beberapa orang pasukan Inggris terluka.
Pada 24 Mei setelah menderita kekalahan hebat dalam pertempuran beberapa minggu, pasukan-pasukan Tentara Mahdi menarik diri dari kota Karbala. Hal ini menyebabkan satu-satunya wilayah yang masih berada dalam kekuasaan mereka adalah wilayah Najaf-Kufa, yang juga mengalami serangan-serangan Amerika terus-menerus. Total keseluruhan beberapa ratus pemberontak Tentara Mahdi mati terbunuh (menurut pihak militer AS, dan berbagai kantor berita.) dalam pertempuran-pertempuran dengan pasukan-pasukan Amerika yang mempunyai perlengkapan dan yang terlatih lebih baik. Tak gentar oleh pertempuran itu, Muqtada al-Sadr secara teratur memberikan ceramah-ceramah Jumatnya di Kufa selama pertempuran berlangsung.
Gencatan senjata bulan Juni
Pada 6 Juni 2004 Muqtada al-Sadr mengeluarkan pengumuman yang memerintahkan Tentara Mahdi agar menghentinkan operasi-operasinya di Najaf dan Kufa. Sisa-sisa milisi segera meletakkan senjata dan menghentikan serangan-serangan terhadap pasukan-pasukan AS. Setahap demi setahap, para milisi para milisi meninggalkan daerah itu atau kembali ke rumah-rumah mereka. Pada hari yang sama, Brigadir Jenderal Mark Hertling seorang komandan top AS yang bertanggung jawab atas Najaf Irak menyatakan "Milisi Muqtada secara militer telah dikalahkan. Kami telah membunuh banyak dari mereka dalam beberapa minggu terakhir, dan itu hanya di Najaf saja. [...] Para milisi telah dikalahkan, atau telah pergi." 6 Juni secara efektif menandai berakhirnya pemberontakan kaum Syi’ah. Jumlah keseluruhan para milisi Tentara Mahdi yang terbunuh dalam pertempuran di seluruh Irak diperkirakan antara 1.500 dan 2.000 orang.
Kembalinya Najaf ke tangan pasukan-pasukan keamanan Irak setelah gencatan senjata membuat Kota Sadr sebagai kubu terakhir gerilyawan Tentara Mahdi yang masih melakukan perlawanan dengan kekerasan. Bentrokan-bentrokan berlanjut secara periodik di distrik itu setelah berakhirnya pertempuran-pertempuran di Najaf-Kufa. Pada 24 Juni Tentara Mahdi juga mengumumkan berakhirnya operasi-operasi di Kota Sadr, dan secara efektif mengakhiri kegiatan milisi, setidak-tidaknya untuk sementara waktu Sadr tampaknya sedang merencanakan untuk mengubah faksinya menjadi sebuah partai politik, setelah berhasil mendapatkan dukungan masyarakat yang cukup besar.
