Syah Afandin terjaring Operasi tangkap tangan yang dilancarkan oleh KPK pada 2 Juli 2026. Dalam OTT tersebut, KPK mendapati sejumlah barang bukti di antaranya uang tunai senilai Rp 100 juta dan uang tunai dalam valuta asing total senilai Rp 1,22 miliar serta 55 keping logam platinum dengan total berat kurang lebih 55 kg.[8] Usai menjalani pemeriksaan intensif pada 3 Juli 2026, Syah Afandin ditetapkan sebagai tersangka dalam kasus suap proyek di lingkungan Pemerintah Kabupaten Langkat, Sumatera Utara dan resmi ditahan.[9][10]
KPK mengungkapkan bahwa Syah Afandin diduga meminta fee dari proyek yang diperoleh dari rekanannya sebesar 10% dari proyek di Dinas Pendidikan dan 17% dari proyek di Dinas Perumahan dan Kawasan Permukiman. Selain suap proyek, KPK juga menemukan dugaan penerimaan lainnya senilai Rp3,5 miliar, terkait mutasi pengisian jabatan di Dinas Pendidikan, pengangkatan kepala Sekolah Dasar maupun Sekolah Menengah Pertama, hingga pengadaan seragam Sekolah Dasar. Ia disangkakan atas pelanggaran Pasal 12 huruf a atau Pasal 12 huruf b dan/atau Pasal 12B Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi.[9][11]