Sebagian besar wilayah Desa Surotrunan merupakan dataran rendah hingga lereng perbukitan dengan ketinggian antara 15-120 meter di atas permukaan air laut. Wilayah dataran rendah digunakan untuk laham persawahan. Dataran tinggi berupa lereng perbukitan berada disisi timur berbatasan dengan Kecamatan Poncowarno. Desa Surotrunan dibelah oleh sebuah sungai besar yaitu Sungai Kedungbener dibagian tengah dan Sungai Kalijaya dibatas wilayah disebelah barat. Selain itu disebelah timur terdapat sungai saluran irigasi Induk Waduk Wadaslintang.
