Pulau Subi terdiri atas dua pulau, Subi Besar dan Subi Kecil. Subi Kecil termasuk dalam gugusan Pulau Natuna Selatan. Pulau ini cukup luas dengan hamparan pasir putih dan bebatuan di tepi pantainya. Sebagian besar lahan di pulau ini ditanami tanaman kelapa oleh para penduduk.
Ibu Kota Kecamatan Subi terletak di Pulau Subi Kecil. Pulau ini berbatasan dengan negara tetangga yaitu Malaysia.