Stasiun Sōen dilayani oleh Jalur Utama Hakodate dan Jalur Sasshō, dan diberi nomor "S02".
Tata letak stasiun
Stasiun ini memiliki dua peron pulau yang melayani empat jalur. Stasiun ini memiliki mesin tiket otomatis, gerbang putar otomatis yang menerima Kitaca,[2] dan loket tiket yang dikelola staf "Midori no Madoguchi".