Awalnya stasiun ini hanya dibangun layaknya stasiun kecil untuk melayani penumpang KA Pangrango dan hanya memiliki satu jalur kereta api saja. Alasannya, pada saat itu di Stasiun Bogor seluruh jalurnya digunakan untuk KRL Commuter Line sehingga tidak ada jalur untuk menampung kereta api non KRL. Namun, sejak adanya perubahan pelayanan KRL Commuter Line dan juga pembangunan ulang Stasiun Bogor Paledang secara besar-besaran pada 2022, per 1 Juni 2022 rute KA Pangrango diperpanjang hingga Stasiun Bogor.
Setelah pembangunan jalur ganda lintas Bogor–Sukabumi segmen Bogor Paledang-Cicurug selesai per 5 Oktober 2024,[4] jumlah jalur di stasiun ini bertambah menjadi tiga. Jalur 1 dan 2 merupakan sepur lurus serta jalur 3 merupakan sepur badug. Untuk memudahkan kegiatan pindah moda bagi penumpang dari dan ke Commuter Line, Pemerintah Kota Bogor dan KAI membangun fasilitas skybridge.[5] Selain itu, stasiun ini sudah dipasangi sistem persinyalan elektrik produksi PT Len Industri untuk mengakomodasi stasiun ini dan Stasiun Bogor.
Bangunan Stasiun Bogor Paledang sudah dibangun ulang menjadi bangunan dengan dua tingkat dan terhubung langsung dengan skybridge tersebut. Semua peron di stasiun ini sudah dibangun ulang menjadi peron tinggi dan berkanopi agar aktivitas naik turun penumpang tidak terganggu oleh hujan dan panas terik matahari. Skybridge tersebut sudah dioperasikan sejak 18 Juni 2025, bersamaan dengan dikembalikannya terminus kereta api Pangrango dari Stasiun Bogor ke stasiun ini.[6]
PG01
1
Pintu masuk, penyeberangan antar peron, skybridge ke Stasiun Bogor
_(cropped).jpg)
