Bagian milik JR dari stasiun ini dibuka pada tanggal 1 April1905 dan milik Keisei pada tanggal 19 Desember1931. Stasiun ini saat ini sedang direnovasi besar-besaran untuk menghubungkan gedung stasiun utama dengan stasiun baru yang melayani Jalur Nippori-Toneri dan menambah peron jalur atas untuk Keisei.
Stasiun ini merupakan stasiun pertemuan antarjalur yang dikelola oleh JR dan Keisei. Walaupun Stasiun Keisei Ueno yang merupakan stasiun akhir dari Jalur Utama Keisei juga terletak bersebelahan dengan Stasiun Ueno milik JR, tetapi Stasiun Nippori memberi lebih banyak kemudahan bagi penumpang untuk berganti kereta.
Peron
JR East
Tidak ada peron untuk jalur 5-8 yang digunakan sebagai lintasan kereta non-stop yang melayani Jalur Takasaki dan Utsunomiya.
